Plateformes - CLARA - 1er sem. 2014

1er sem.
2014
Annuaire des plateformes
FINANCEMENT CLARA

Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014
Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes
http://www.canceropole-clara.com
Centre Hygée
Centre Hygée - Centre régional de prévention des cancers
Domaine d’expertise
Prévention, recherche, éducation, réduction des
inégalités sociales
Réseau
Institut de cancérologie Lucien Neuwirth
Plateforme du Cancéropôle CLARA
Réseau RIEPCA (réseau national pour l'information,
l'éducation à la santé et la prévention des cancers)
Responsable
Franck CHAUVIN
centrehygee@icloire.fr
Situation
108 bis avenue Albert Raymond 42270 Saint-Priest en Jarez
Site web
http://www.centrehygee.fr/
Le développement des activités du centre est guidé par deux objectifs :
1. Développer une ingénierie de prévention des cancers
Le thème général développé peut-être résumé ainsi : le cancer : du fléau social à la maîtrise individuelle des risques. Cette approche
concerne les 3 temps de prévention (primaire, secondaire, tertiaire).
2. Porter une dynamique inter-régionale de promotion de la recherche en prévention
• La réduction des inégalités sociales de santé
• Le Centre Hygée est un Centre Ressources d’informations validées
• Le Centre Hygée est un fédérateur des acteurs régionaux de prévention des cancers
Offre de services
Le Centre Hygée est organisé autour de 2 pôles fonctionnels
considérés comme des laboratoires d’usage (living lab) dont
la conception et l’évaluation scientifique des nouvelles
approches préventives développées sont assurées par une
équipe de Recherche Mixte (santé publique, sciences
humaines et sociales, sciences de l’éducation).
1. Un pôle Espace Prévention
2. Un pôle Patient / Proches
Conditions d’accès
Scolaires et jeunes adultes / Patients et leurs proches.
Equipements
1. Le pôle Espace Prévention comprend un parcours
pédagogique interactif, utilisant largement les NTIC, à
destination des scolaires et des jeunes adultes. Il vise à
développer une prévention fondée sur l’éducation.
2. Le pôle Patient / Proches permet aux patients et à leurs
familles de bénéficier d’une information adaptée, d’une
prise en charge coordonnée orientée et des programmes
d’éducation thérapeutique conçus par les chercheurs et
éducateurs soignants du centre. L’objectif de cette
plateforme expérimentale et unique en France est de
développer le mouvement de l’autonomisation des
patients recommandé dans la prise en charges des
maladies chroniques (prévention primaire).
Dans la mythologie grecque, Panacée et Hygée sont les
deux filles d'Asclépios, ou Esculape chez les Romains, dieu
de la médecine. Hygée est la déesse de la prévention
tandis que Panacée est la déesse de la thérapeutique.
Hygée a donné son nom à hygiène.
Description

GAIA
Plateforme d'imagerie nucléaire
Oncologie, métabolisme, neuroscience, cardiologie,
imagerie TEP, imagerie SPECT, imagerie CT,
échographie
Réseau
France Life Imaging
Labellisation : IbiSa
Responsable
Catherine GHEZZI
catherine.ghezzi@chu-grenoble.fr
Situation
CHU Grenoble Rond point de la Chantourne 38100 Grenoble
Site web
http://www.imagerie-grenoble.fr/
GAIA est localisé au sein de l'UMR 1039 qui regroupe le Laboratoire Radiopharmaceutique Biocliniques (LRB) et la clinique de
Médecine Nucléaire du CHU de Grenoble. Cette unité développe depuis plus de 25 ans des radiopharmaceutiques, molécules
marquées par des atomes radioactifs et utilisées pour le diagnostic et la thérapie. Les compétences développées sur la plateforme
vont du marquage radioactif de composés aux études précliniques et cliniques.
Offre de services
Radiomarquage de divers composés (molécules organiques,
protéines, anticorps, sucres, peptides, bactéries, ADN, ARN,
cellules,…)
Evaluation in vivo de la pharmacocinétique et de la
biodistribution d'une molécule d'intérêt pharmaceutique
Evaluation de l'efficacité thérapeutique de composés
d'intérêt (tumeur, ischémie, métabolisme,...)
Etude de phénommènes biologiques chez l'animal en
utilisant des radiotraceurs existants (suivi de croissance
tumorale, mesures de perfusion cérébrale ou cardiaque, ou
encore études métaboliques)
Validation de modèles animaux
Prestations de services, mise à disposition d'équipements,
conseils/expertise, collaborations de recherche
académiques / industrielles
Equipements
Caméra SPECT/CT Bioscan
Caméra PET/CT Bioscan
Caméra Cliniques SPECT et TEP
Echographe Vevo
Autoradiographie
Moyens biologiques
Infrastructures spécifiques
Plateforme animalerie : petits et gros animaux, animalerie
agrémentée, microchirurgie
Radiochimie : radio-HPLC, radio-CCM, activimètres,
compteurs Gamma et Bêta
Description

ISA-CRMN
Centre Européen de Résonance Magnétique Nucléaire
à Très Hauts Champs
Profilage métabolique, Métabonomique, Biologie Structurale,
Cristallographie et Chimie des Matériaux
Réseau
RALF-NMR : Rhône-Alpes Large-Scale Facility for high-field NMR
IR-RMN: Très Grandes Infrastructures de Recherche RMN Très
Hauts Champs - Infrastructure Nationale
Bio-NMR : European I3 (Integrated Infrastructure Initiative)
NMR facility (FP7)
Responsable
Bénédicte ELENA-HERRMANN
benedicte.elena@ens-lyon.fr
Situation
Institut des Sciences Analytiques - 5 rue de la Doua
69100 Villeurbanne
Site web
http://www.ens-lyon.fr/crmn/crmn/index.html
Le Centre de RMN à Très Hauts Champs de l'Institut des Sciences Analytiques (ISA, unité mixte CNRS/ ENS Lyon / UCB Lyon 1) a
pour mission de fournir l’environnement nécessaire à des développements méthodologiques et technologiques de pointe en RMN
et à l’application de cette spectroscopie, en phase liquide comme en phase solide, à l’étude de problèmes clés dans les domaines
de la biologie, de la médecine et des matériaux. Son infrastructure intégrée de recherche est ouverte à la communauté nationale
et internationale des utilisateurs de RMN.
Offre de services
Les axes de recherche prioritaires sont :
• La développement de la métabolomique par RMN pour la
cancérologie, notamment pour le diagnostic précoce sur
biofluides ou tissus biologiques, la biologie médicale et la
génomique fonctionnelle ;
• Les applications analytiques en chimique et en biologie,
notamment en biologie structurale et en science des
matériaux ;
• L’instrumentation et les développements techniques,
incluant la chimie moléculaire et, notamment, l’approche
structurale des matériaux bio-organiques solides et liquides.
•Accès pour les utilisateurs français aux spectromètres 800
MHz et plus par le biais du programme CNRS IR-RMN
(Grande Infrastructure de Recherche pour la RMN Très
Hauts Champs)
• Accès possible pour les industriels via un partenariat de
recherche permettant la publication des données obtenues.
• Accès pour les utilisateurs européens dans le cadre du
programme Bio-NMR (projet I3 FP7)
Equipements
La plate-forme du CRMN est constituée :
• d’un spectromètre 1000 MHz SB Bruker (liquide cryo et
solide). Il est le seul spectromètre 1 GHz au monde;
• d’un spectromètre 800 MHz SB Bruker (liquide, solide et
HR-MAS, équipé pour le haut debit en solution);
• d’un spectromètre 800 MHz WB Bruker équipé d’un
gyrotron à 527 GHz pour les études de DNP (polarisation
dynamique nucléaire).
• d’un spectromètre 700 SB Bruker (liquide, solide et HR-
MAS) ;
• d’un spectromètre 600 SB Bruker (liquide) avec
cryosonde et équipé pour le haut débit ;
• d’un spectromètre 500 WB Bruker (solide) ;
• d’un spectromètre 400 MHz, avec gyrotron pour la DNP.
Moyens biologiques
1 Laboratoire de chimie et 2 laboratoires de biologie pour
la préparation des échantillons RMN
Description

EDyP Service
Etude de la Dynamique des Protéomes
spectrométrie de masse, bioinformatique,
identification et charactérisation de protéines,
quantification
Réseau
ProFI (Proteomics French Infrastructure)
PRIME-XS
Labellisation : IbiSa, ISO9001
Effectif : 41
Responsable
Christophe BRULEY
christophe.bruley@cea.fr
Situation
17 avenue des Martyrs 38000 Grenoble
Site web
www.edyp.fr
Fort d’une expertise de plus de 10 ans dans le domaine de la protéomique, l’équipe EDyP met à disposition de la communauté
scientifique un ensemble de technologies de pointe. Sa plate-forme de services labellisée IBISA est destinées à la caractérisation à
haut-débit des protéines et des protéomes.
Offre de services
Entre autres, nous vous proposons :
- Identification de protéines
- Caractérisation de complexes protéiques
- Caractérisation de modifications post-traductionnelles
(phosphorylations, acétylations, ponts disulfures)
- Quantification relative de protéines
- Quantification absolue de protéines
- Analyse bioinformatique des données
EDyP-Service accepte des demandes d'analyses
protéomiques émanant de laboratoires académiques et
industriels.
Le traitement de vos projets par la plate-forme EDyP-Service
peut s'effectuer selon plusieurs modalités.
Equipements
nLC, OrbiTrap VELOS
nLC, QExactive
nLC, LTQ-FT
nLC, OrbiTrap XL
nLC, QTrap 4000
nLC, QTrap 5500
Robot Préparation EVO 150
Description

EpiMed
Plateforme Epigénétique Médicale
Analyses genome-wide par les approches NGS,
découverte/validation de marqueurs et de cibles
épigénétiques dans les cancers
Réseau
INSERM-Université Grenoble U823
Labellisation :
Effectif : 4
Responsable
Sophie ROUSSEAUX
sophie.rousseaux@ujf-grenoble.fr
Situation
Institut Albert Bonniot Rond point de la Chantourne 38700 La
Tronche
Site web
http://www-iab.ujf-grenoble.fr/plf_d.php?b=2&c=23&i=64
EpiMed a pour vocation de faciliter une recherche translationnelle dans le domaine de l’épigénétique entre les équipes de
recherche fondamentale et les équipes médicales dans le cadre de collaborations nationales et internationales entre académiques
et industriels.
Un projet important mené au sein d’EpiMed concerne le domaine de la cancérologie. Il consiste à utiliser les expressions dérégulées
« hors contexte » de gènes dans les tumeurs pour une utilisation comme marqueurs et/ou cibles thérapeutiques.
Offre de services
EpiMed a pour but de promouvoir recherche
translationnelle dans le domaine de l'épigénétique et à ce
titre intervient de deux manières: i/ en facilitant
l'établissement de projets translationnels basés sur de
nouveaux concepts et idées émergeant des équipes de
recherche fondamentale ii/ en apportant un soutien
technique soit biologique pour la validation de tests ou de
nouvelles approches thérapeutiques, soit une aide
bioinformatique pour des analyses pangénomiques
(transcriptomiques, NGS...).
Les porteurs de projets doivent prendre contact avec les
responsables de la plateforme afin d'examiner la
pertinence, la faisabilité et les modalités d'intégration d'un
nouveau projet.
Equipements
L’activité d’EpiMed repose largement sur ses capacités
d’analyse des données à grande échelle.Une cellule
d’analyse bioinformatique a été constituée et dotée des
moyens nécessaires (ordinateurs, logiciels...). La
plateforme apporte aussi un soutien pour la validation
biologique utilisant notamment les acquisitions en
matériel faites avec le soutien du CLARA (PCR quantitative
Stratagene, Bioruptor, culture cellulaire...)
Moyens biologiques
Dans le cadre des collaborations déjà établies, la
plateforme a un accès à des tumorothèques, ainsi qu'à
des données cliniques et moléculaires à grande échelle.
Elle a aussi accès à certaines classes de drogues
épigénétiques, à des modèles cellulaires et des modèles
animaux (xénogreffes).
EpiMed fonctionne au sein de l'équipe 6 dirigée par Saadi
Khochbin dans le CR UJF-INSERM U823 (Institut Albert
Bonniot à Grenoble) et bénéficie de l'infrastructure de
cette équipe et du CRI.
Description

GINA
Plate-forme de Génotypage à Haut Débit GINA
oncogénétique, cancer hormono-dépendants, sein,
prostate, ovaire
Réseau
GIS IBiSA
Labellisation : Certification ISO9001 renouvelée en
octobre 2013
Effectif : 5
Responsable
Yannick BIDET
Yannick.Bidet@cjp.fr
Situation
Département d'Oncogénétique du Centre Jean Perrin
58 Rue Montalembert 63000 Clermont-Ferrand
Site web
http://www.clermont-universite.fr/GINA-Sequencage-haut-debit
La plateforme GINA de séquençage à haut débit compose, avec l’unité de génotypage GENAP de l’INRA, la structure GENTYANE.
La structure GENTYANE rassemble donc deux palteforme l’une travaillant sur l’Humain (GINA) et l’autre dans le domaine végétal
(GENAP). Les plateaux GINA et GENAP proposent des outils de séquençage et d’analyse complémentaire et, fortes de leur spécificité
et complémentarité thématique, ces deux portes d’entrées accueillent de nombreux projets de séquençage portés par des
chercheurs ou des industriels. Après analyse du besoin, GENTYANE oriente le projet de séquençage vers l’un ou l’autre des plateaux
techniques disposant des ressources les plus appropriées pour le traitement et l’analyse. Les deux plateaux GINA et GENAP peuvent
donc être amenés à réaliser des prestations hors de leur thématique d’origine et à élargir leurs champs d’activité respectifs.
La plateforme GINA est une unité fonctionnelle du département d'Oncologie Moléculaire du Centre Jean Perrin. À ce titre, elle est
donc fortement connectée à la fois au laboratoire d'oncogénétique moléculaire (LOM) et au laboratoire de diagnostic médical du
Centre Jean Perrin (OncoGénAuvergne).
Concernant les projets de Cancérologie, la plateforme est spécialisée sur les cancers hormono-dépendants et en particulier sur
l’oncogénétique du sein.
Offre de services
Les prestations se négocient et vont de la production simple
de données à la collaboration de recherche, incluant
l’analyse.
GINA est adaptée au séquençage de petits génomes ou de
fractions de génomes complexes. Les logiciels fournis
permettent l’assemblage et l’orientation des contigs de
novo. Ils permettent également de comparer les séquences
assemblées à une séquence de référence, et ainsi de
détecter des polymorphismes. La combinaison des longues
lectures (6 à 800 nucléotides) et de l’approche « paired
ends » permet une traversée efficace des régions répétées
et donc une meilleure construction de la structure des
génomes non annotés.
D’autres logiciels de la plateforme autorisent le séquençage
simultané d’un grand nombre de produits PCR afin
d’analyser un grand nombre de petites régions d’intérêt
et/ou d’échantillons. Cela peut être utile en génétique
humaine à visée diagnostique, pour la recherche
d’hétérogénéité dans une population d’individus (cellules
d’un tissu, bactéries, virus...), en métagénomique... Le
séquençage d’amplicons est l’un des domaines d'expertise
de la plateforme GINA.
L’approche « Deep Sequencing » permet d’augmenter la
couverture de l’échantillon afin de déceler des mutations
présentes dans moins de 1% de l’ADN de l’échantillon. Cette
approche est privilégiée pour la détection de mutations
somatiques dans les tumeurs.
Tout type d’acides nucléiques, issu de tout type de
traitement, peut être séquencé sur la plateforme. Les
études de méthylation, d’ARN non codants ou le
Equipements
Outils de quantification et de qualification des acides
nucléiques (Lecteur Tecan Infinite200, BioAnalyzer 2100
Agilent).
Robotique de pipetage (Tecan evo100 pré-PCR, Beckman
BioMek FXP post-PCR).
Thermocycleurs (14 blocs pour plaques 96 puits).
Pyroséquenceur GS-FLX+ (Jusqu’à 1 million de lectures
indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture,
Séparation physique des échantillons en 2, 4, 8 ou 16
zones, Multiplexage jusqu’à 1536 échantillons)
Pyroséquenceur GS-Junior (Jusqu’à 100 000 de lectures
indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture,
Multiplexage jusqu’à 96 échantillons)
Moyens biologiques
La tumorothèque à disposition est axée sur les cancers
hormono-dépendants (sein, ovaire, prostate). La
tumorothèque du Centre Jean Perrin est labellisée par le
Description

ImmunAlp
Plateforme d'immunomonitoring
monitorage immunologique, ELISA, PCR, SPR
Réseau
Centre de Recherche INSERM-UJF U823, Institut A
Bonniot
Effectif : 2
Responsable
Patrice MARCHE
patrice.marche@ujf-grenoble.fr
Situation
Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche
Site web
www.immunalp.com
L’équipe INSERM/UJF de P. Marche ont mis en place des méthodes innovantes pour l’analyse des paramètres du système
immunitaire. En outre, des outils originaux issus d’innovations technologiques et couverts par des brevets y sont développés puis
validés dans des applications bio-médicales. Il s’agit en particulier de l’évaluation des réponses immunes par l’analyse des anticorps
(profilage de spécificité, analyse quantitative et qualitative) et de la recherche de marqueurs circulants sériques par desdes
systèmes miniaturisés comme des puces peptide-protéines utilisant une détection en temps réel par imagerie de de la résonnance
de surface (iSPR).
Offre de services
Mesures de la réponses anticorps à partir du sang ou de
fluides biologiques : quantification, paramètres cinétiques.
Evaluation de la toxicité et des effets inflammatoires de
composés, en paticuliers de nano matériaux dans le cadre
de développement de nano particules thérapeutiques.
Collaboration ou prestation de service.
Equipements
Les instruments sont installés dans le Centre de Recherche
INSERM-UJF U823, soit dans le bâtiment Institut Albert
Bonniot.
Omnigrid Micro (Genomic Solutions® OmniGrid) piloté par
le logiciel AxSysTM
Imageur de Surface Plasmon Resonance (SPRi-PLEX, et
SPRiLab, GenOptics)
Robot pour ELISA (Evolis, BioRad)
Moyens biologiques
Laboratoire P2.
Description

IRMaGe
Plateforme spécialisée en IRM et neurophysiologie
IRM, neuroimagerie, explorations fonctionnelles
(EEG, TMS, NIRS) et métaboliques, imagerie
fonctionnelle de la vascularisation
Réseau
France Life Imaging
Responsable
Chantal REMY
chantal.remy@ujf-grenoble.fr
Situation
Bâtiment Edmond J. Safra, Université Joseph Fourier - Site
Santé, Chemin Fortuné Ferrini 38700 La Tronche
Site web
https://irmage.ujf-grenoble.fr/accueil?destination=node/850
Spécialisée en neuroimagerie et explorations fonctionnelles associées, IRMaGe est le partenaire idéal pour accompagner des
projets de recherche sur petit animal et primate non humain, des projets de recherche à visée clinique ou cognitive, mais également
pour le développement méthodologique d'imagerie et de spectroscopie RMN ou neurophysiologie.
Dans le contexte de la cancérologie, peuvent être réalisés, pour des études pharmacologiques, des suivis longitudinaux du volume
tumoral, des œdèmes, du métabolisme, de la vascularisation et de l'angiogenèse sur des modèles orthotopiques ou sous-cutanés
(rat ou souris) ou chez l'homme.
Offre de services
Développement méthodologiques (animal, homme)
Phénotypage de souris transgéniques
Suivi de l'évolution de pathologies (animal, homme)
Études pharmacologiques (animal, homme)
Evaluation de l'efficacité de nouveaux traitements (animal,
homme)
Imagerie cellulaire et moléculaire (animal)
Évaluation de nouveaux agents de contraste (animal)
Recherche cognitive (homme)
Exploration fonctionnelles cérébrales (homme)
Evaluation de la compatibilité RMN de matériaux
Etude d'échantillons tissulaires à haute résolution
Prestations de services, mise à disposition d'équipements,
conseils, collaborations de recherche académiques /
industrielles
Equipements
3 IRMs petit animal : 4,7 T, 7,0 T et 9,4 T (rat, souris) -
monitoring physiologique
2 IRMs corps entier : 3T
3 EEGs (électro-encéphalographie) haute résolution,
compatibles TMS et IRM
TMS (stimulation magnétique transcrânienne)
neuronaviguée et robotisée
Appareil de spectroscopie proche infra-rouge (NIRS)
Enregistrements multi-unitaires
Coordination possible pour imagerie multimodale (IRM,
optique, nucléaire)
Moyens biologiques
Modèles de tumeurs cérébrales
Accès à une plateforme d'animalerie :
Souris, rats, primates
Animalerie agréée ISO9001
Salles de microchirurgie
Lemasson B et al., NMR in Biomedicine 2011; 24:473-482.
Lux F et al., Angewandte Chemie int Ed Engl, 2011, 50:
12299 –12303.
Coquery N et al., PLoS ONE, 2012; 7:e40567
Lemasson B et al, Radiology. 2012; 265:743-752.
Bouchet et al., Radiother Oncol. 2013; 108:143-148.
Description

ProfileXpert
Plateforme de Génomique & MicroGénomique
séquençage haut débit, microgénomique, acides
nucléiques, microarray, microdissection laser,
oncologie, infectiologie, neurosciences
Réseau
GIS IBiSA, Intergroupe francophone du myélome
Labellisation : Certification ISO 9001, Habilitation «
Micro-organismes pathogènes et toxines – MOT »
Effectif : 15
Responsable
Joel LACHUER
contact@profilexpert.fr ou joel.lachuer@univ-lyon1.fr
Situation
Faculté de Médecine et de Pharmacie Rockefeller
8 avenue Rockefeller, Aile 3B et 2C
69008 Lyon
Site web
http://www.profilexpert.fr
La plateforme ProfileXpert de génomique et microgénomique est dédiée à l'analyse de l'ADN, à l'analyse de l'expression génique
et à l'analyse de la régulation des gènes . ProfileXpert-LCMT est spécialisé dans l'analyse de petite quantité d'acides nucléiques
provenant de cellules isolées (microgénomique).
Les activités de ProfileXpert-LCMT sont centralisées autour de trois missions principales :
• une activité de service à destinée de l’ensemble des laboratoires académiques et privés de la région Rhône-Alpes: transcriptome,
génome, épigénome, régulome
• une activité de formation à ces nouvelles technologies,
• une activité de Recherche & Développement (R&D) au sein de programmes de R&D nécessitant ces nouvelles approches de
génomique à haut débit: identification de biomarqueurs (3 brevets, > 100 publications), développement technologique (protocoles
de microgénomique et bases de données)
Offre de services
ProfileXpert fournit des services suivants:
• Analyse du Transcriptome, (cRNA et ncRNA, variants
d'épissage, nouveaux transcrits, petits ARN (sn, miRNA)
• Analyse du génome (Séquençage de novo, reséquençage,
amplicons, génotypage et analyse de CNV, LOH, SNP)
• Analyse de l’Epigénome et du Régulome (ChIPchip,
ChIPseq, MeDIPchip, MeDIPseq, BS, RRBS, beadarrays après
traitement bisulfite)
• Séquençage de Génomes et Métagénomes
Associés à ces services, ProfileXpert fournit également des
services support de:
• Microdissection laser par CLM
• Etablissement de lignées lymphoïdes
• Préparation des échantillons
• Capture et Enrichissement de régions : exons, groupe de
gènes spécifiques, génomes viraux.
• Aqcuisition et traitement des données (analyses
bioinformatiques, biostatistiques, modélisation, réseaux
d'interaction, base de données)
La plateforme ProfileXpert est ouverte à l'ensemble des
chercheurs et industriels de l'inter-région Auvergne Rhône-
Alpes, voire à des équipes extérieures qui seraient associées
à des projets scientifiques
Equipements
PREPARATION D'ECHANTILLONS
acides nucléiques et librairies: bioanalyzer 2100,
Nanodrop, Fluorometer Qubit, Qiacube, Fastprep, Tissue
lyser, NucliSENS easyMAG + Experion, thermocyclers (4),
sonicateur bioruptor (Diagenode)
DECOUVERTE DE BIOMARQUEURS
Puces : Station iScan/beadarray (Illumina), Plate-forme
Agilent pour étude des puces d’expression et de CGH-
arrays, Station GeneChip® Fluidics Station 450
(Affymetrix), Scanner GeneChip® Scanner 3000 7G
(résolution des puces SNP array 6.0 et tiling) (Affymetrix,
Inc), Access array (fluidigm)
Sequenceur NGS : Séquenceur Hiseq 2500 Illumina et
Séquenceur MiSeq illumina,
MICRODISSECTION LASER
Microdissecteur laser Arcturus pixcell II + cryostat
VALIDATION DE DONNEES
PCR en temps réel et PCR en multiplex : QRT-PCR
Lightcycler (Roche), TLDA 7900 Applied microfluidique
(Applied Biosystem), CFX 96 Real time PCR biorad,
Luminex Flexmap 3D
ANALYSE DE DONNEES
Logiciels: GeneSpring, Ingenuity IPA, dCHIP, Genotyping
console, TAS, Pathway studio, Partek + Serveur HP 48To
mémoire 8 coeurs
Moyens biologiques
Description

PARCC-ARA
Plateforme d’Aide à la Recherche Clinique en
Cancérologie en Auvergne Rhône-Alpes
Méthodologie des essais cliniques, conception,
analyse statistique, gestion de données, qualité des
études cliniques
Labellisation : Ligue Nationale Contre le Cancer
Responsable
David PEROL
evelyne.gauthier@lyon.unicancer.fr
Situation
28 rue Laënnec 69373 Lyon Cedex 8
Site web
http://www.parcc-plateforme-lncc.fr/
La PARCC est une structure multi-institutionnelle dont la finalité est de soutenir la recherche clinique en Cancérologie des régions
Auvergne et Rhône-Alpes.
Fondée en 2004, grâce au soutien de la Ligue Nationale Contre le Cancer, la PARCC :
• a établi un partenariat inter-régional réunissant toutes les structures concernées par la recherche clinique en cancérologie en
Auvergne & Rhône-Alpes
• anime l'axe de recherche clinique du Cancéropôle Lyon Auvergne et Rhône-Alpes (CLARA)
• dispose de ressources humaines et d'une expertise méthodologique et logistique qu’elle met à disposition des porteurs de projets
de recherche clinique des régions Auvergne et Rhône-Alpes.
Offre de services
• Soutien méthodologique, statistique et logistique pour la
recherche clinique en cancérologie à des institutions
partenaires
• Aide à la soumission des projets aux différents Appels
d'Offres nationaux (PHRC-K, PRME-K, INCa, LNCC, ARC...)
• Aide à la formation en recherche clinique et à la
promotion de manifestations scientifiques
• Aide à la valorisation et à la publication des essais
cliniques (traduction, medical writing)
Investigateurs :
•des différentes institutions prenant en charge le cancer
•du secteur public ou du secteur privé
•des régions Auvergne & Rhône-Alpes
Equipements
La PARCC a été labellisée en tant que Centre de
Traitement des Données par l'INCa en 2007 ; elle met ainsi
à la disposition des porteurs de projets des solutions
techniques et logistiques en termes de gestion des
données cliniques et biologiques, et d'analyse statistique.
Moyens biologiques
NA
NA
L’activité opérationnelle de la PARCC est structurée autour
de deux entités opérationnelles : le Comité de Pilotage et
le Comité Méthodologique, soutenu par des experts
cliniciens si besoin, au service des investigateurs des
structures partenaires (à noter que la PARCC n’est pas
promoteur des études cliniques au sens de la loi ; les
centres partenaires sont les promoteurs).
Description

EUCAN
Observatoire Européen du Cancer
épidémiologie, incidence, mortalité, prévalence,
cancers, Europe
Réseau
Organisation Mondiale de la Santé (OMS)
Responsable
Jacques FERLAY
ferlay@iarc.fr
Situation
Centre International de Recherche sur le Cancer - 150 Cours
Albert Thomas 69372 Lyon CEDEX 08
Site web
http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx
Le but d’EUCAN est de diffuser l'information sur l’impact du cancer dans chaque pays européen à l'aide d'un site Internet facile à
utiliser et en langue Française. EUCAN présente les estimations nationales de l'incidence, de la mortalité et de la prévalence par
types de cancer et par pays d'Europe depuis 2006. La première version du site EUCAN a été lancée en mai 2009 avec le soutien du
CLARA et la Commission européenne. Elle regroupait les estimations pour l'année 2008. La dernière mise à jour du site web
présente les dernières estimation pour l'année 2012. Ces estimations sont effectuées à l'aide des données d'incidence collectées
par les registres du cancer en Europe membres du "Reseau européen des registres du cancer" (ENCR) et en utilisant les données
de mortalité nationales disponibles à l’OMS à Genève. Le site web http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx est administré par le
Centre international de Recherche sur le Cancer.
Offre de services
Les estimations nationales pour l'année 2012 par type de
données (incidence, mortalité, prévalence) par sexe
(homme, femme, deux sexes confondus) par cancer (25
types de cancers) ou par pays (40 pays d'Europe) sont
disponibles sur le site web sous forme d'histogrammes, de
camemberts, de tableaux ou cartes avec données
exportables. Le nombre de nouveaux cas de cancer
(incidence), de décès par cancer (mortalité) ou de cas
prévalent à un, trois ou cinq années ainsi que des taux
standardisés sont présentés soit par type de cancer (fiches
cancer), soit par pays (fiches pays). Enfin, un glossaire, un
guide utilisateur et des liens vers les sources de données
sont également disponibles sur le site.
Site internet avec accès gratuit
Equipements
Le site Internet est hébergé et administré par le Centre
international de Recherche sur le Cancer (CiRC) au sein du
service des technologies de l’information. Les estimations
sont effectuées au sein de la section "données du cancer".
La méthodologie et les résutats sont publiés dans des
revues scientifiques (European Journal of Cancer).
Moyens biologiques
EUCAN est une des composantes du site "European Cancer
Observatory" (http://eco.iarc.fr), qui présente également
les données collectées par les registres du cancer en
Europe (EUREG), ce qui améliore encore la visibilité des
estimations nationales effectuées grâce au soutien du
Clara.
Description

Plateforme de cytométrie de flux
cytométrie de flux, tri cellulaire, cytokine,
immunomonitoring
Réseau
Accord de fonctionnement avec la plate-forme de
microscopie photonique et Imagerie cellulaire de
l'IAB
Labellisation : Labellisation IBISA
Effectif : 0
Responsable
Christian VILLIERS
christian.villiers@ujf-grenoble.fr
Situation
Institut Albert Bonniot, INSERM/UJF/U823 Rond point de la
Chantourne 38700 La Tronche
Site web
La plate-forme de cytométrie du CR Inserm/UJF (U823) est dédiée à l’analyse et au tri de populations cellulaires sur des critères de
taille, granulométrie et fluorescence. La coordination du plateau est assurée par Christian Villiers, soutenu par Mylène Pezet
(responsable technique). Un comité de pilotage formé de membres des équipes utilisatrices se réunit au moins une fois par an pour
analyser le fonctionnement et l'évolution de la plate-forme. Des exposés scientifiques sont réalisés au cours de ces réunions afin
de promouvoir les avancées scientifiques permises par ces équipements.
Offre de services
La plateforme assure les prestations suivantes :
Détection de molécules de surface et intra-cellulaires
Analyse du cycle cellulaire.
Quantification de la prolifération cellulaire
Détection de l'apoptose/nécrose
Détection de cytokines intra-cellulaires
Quantification des cytokines dans les surnageants de culture
(Cytometric Bead Array )
Numération cellulaire
Le service assure également les missions suivantes :
Gestion de l’utilisation des équipements
Formation des utilisateurs, assistance et conseils sur
l’utilisation des appareils
Diffusion du savoir-faire, formation théorique et pratique
sur rendez-vous pour les personnes non formées à
l'utilisation des appareils et via un planing informatisé pour
les autres. La plate-forme est ouverte aux utilisateurs
extérieurs à l'Institut.
Equipements
1 analyseur C6 (BD-Accuri)
1 FACS Aria (BD)
1 LSRII (BD)
Description

Plateforme Détection moléculaire in situ
immunohistochimie, FISH, CISH, extraction
ADN/ARN, immunomarquages, extraction
nucléotides, investigations des banques de tumeurs
Réseau
INSERM U823 Centre de recherche Albert Bonniot ;
CHU Albert Michallon Departement DACP
Labellisation : INSERM, IBISA
Effectif : 0
Responsable
Elisabeth BRAMBILLA
ebrambilla@chu-grenoble.fr
Situation
Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche
Site web
Cette plateforme technologique a pour objectif spécifique la détection des protéines in situ par immunohistochimie, des acides
nucléiques (ARN, ADN) par FISH, (hybridation in situ fluorescente), CISH (hybridation in situ chromogénique) et SISH.
La plateforme dispose également des outils nécessaires pour l’extraction ADN, ARN, miRNA à partir de coupes tissulaires macro-
disséquée ou non et des équipements pour contrôler la quantité et la qualité des extraits tissulaires obtenus.
Offre de services
Cette plateforme technologique a été optimisée pour
l'analyse immunohistochimique de plus de 500 protéines
différentes et représente sur le site la seule plateforme
d'investigation de nouvelles molécules anticorps proposées
par les laboratoires privés ou publics incluant les équipes du
CR-IAB. Cette plateforme représente un continuum de
fonctionnement entre soins et patients, validation et
détection de nouveaux biomarqueurs. La totalité de la mise
en évidence des protéines à visée diagnostique,
thérapeutique ou dépendante des signatures moléculaires
qui font partie des voies de signalisation étudiées par les
équipes du CR-IAB sont investiguées et validées sur cette
plateforme.
Equipements
1 Automate Ventana Discovery et, 3 Modules Ventana
Benchmark XT permettant la réalisation de technique IHC
et CISH automatisée,
1 hybridizer,
4 Cryostats,
1 Automate Pathos d’inclusion rapide à effet micro-ondes,
1 Tissu arrayeur de type Beetcher destiné à la préparation
des tissus microarrays,
1 magnalyser (broyeur de tissu pour extraction ADN
/ARN),
1 thermomixer, accès à un nanaodrop et bioanalyser
Agilent
Moyens biologiques
La plateforme est adossée a une tumorothéque labellisée
de tumeurs pulmonaires, cérébrales et lymphomes Elle
est chargée des evaluations tissulaires sur ces
prélévements.
La plateforme opére l'analyse des tissus de modéles
murins dans le cadre de l'INSERM (Institut Albert Bonniot).
Description

PROMETHEE
Plateforme de protéomique Prométhée
protéomique, phosphoprotéome, acétylome,
identification de biomarqueurs
Réseau
Effectif : 10
Responsable
Michel SEVE
michel.seve@ujf-grenoble.fr
Situation
Institut de Biologie et Pathologie, CHU Grenoble, CS 10217 0
Grenoble
Site web
www.proteomique.fr
PROMETHEE est une plateforme de protéomique médicale localisée au cœur du pôle Santé, dans l'enceinte du CHU de Grenoble.
La plateforme est également rattachée à l'Institut Albert Bonniot (UJF / INSERM U 823) spécialisé dans la recherche sur le cancer
du poumon. La plateforme a développé son expertise dans la maitrise des techniques innovantes en protéomique tels que le
fractionnement peptidique par OFF-GEL et la quantification par iTRAQ, ainsi que dans la recherche de biomarqueurs et des
mécanismes fondamentaux biologiques à travers l'analyse protéique de liquides biologiques (plasma, lavage bronchique,...) ou de
cellules.
Offre de services
Nous vous proposons des prestations répondant à vos
besoins, de la vérification de l'identité d'une protéine
purifiée à l'analyse de l'effet de drogues sur le contenu
protéique de vos cellules. De nombreuses applications sont
possibles, tels que:
Contrôle de l'identité de protéines,
Etude de modifications post-traductionnelles
(principalement phosphorylation et acétylation),
Caractérisation de protéines,
Identification de biomarqueurs à partir d'échantillons
cliniques,
Cartographie protéique,
Analyse différentielle et quantitative,
Investigation de mécanismes pathologiques,
Analyse et intégration des données en vue d'une approche
systémique
Evaluation de la faisabilité sur demande
Equipements
LC préparative U3000 Dionex
Robot pour la préparation d'échantillons et la digestion
tryptique (EVO 150, Tecan)
3 NanoHPLC U3000 (Dionex)
Robot spotter pour plaques MALDI (Probot, Dionex)
Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF 4800 (AB Sciex)
Spectromètre de masse ESI-QTRAP 4000 (AB Sciex)
Systèmes informatiques et programmes bioinformatiques
Description

OPTIMAL
Plateforme d'imagerie optique du petit animal
Oncologie, thérapie ciblée du cancer, drug delivery,
nanoparticules, angiogénèse
Réseau
France Life Imaging
Effectif : 4
Responsable
Veronique JOSSERAND
veronique.josserand@ujf-grenoble.fr
Situation
Institut Albert Bonniot, BP170 La Tronche
38042 Grenoble cedex 9
38042 Grenoble cedex 9
Site web
http://www.imagerie-grenoble.fr/
Au sein de l’équipe «Thérapie ciblée, diagnostic précoce et imagerie du cancer» dirigée par le Dr Jean Luc Coll de l’INSERM U823,
l’équipe OPTIMAL s’est développée sous la direction du Dr Véronique Josserand pour promouvoir l’innovation technologique et
méthodologique dans le domaine de l’imagerie optique du petit animal.
OPTIMAL permet à l'ensemble des chercheurs du monde académique ou industriel d'avoir accès à des méthodes d'imagerie
sophistiquées, sous la forme de projet collaboratifs ou de prestations de service prises en charge par du personnel hautement
spécialisé.
Offre de services
Etudes pharmacocinétiques de biodistribution in vivo
Nombreuses lignées cancéreuses bioluminescentes
Développement à façon de lignées cancéreuses
bioluminescentes
Nombreux modèles in vivo pour l’oncologie
Evaluation de l’efficacité thérapeutique de candidats
anticancéreux
Imagerie de l’angiogénèse in vivo
Imagerie per opératoire en fluorescence temps réel
Evaluation de vecteurs pour la thérapie génique in vivo
Suivi d’infections bactériennes, virales ou fongiques in vivo
Prestations de services personnalisées, mise à disposition
d'équipements, conseils, collaborations de recherche
académiques / industrielles
Equipements
Imagerie de bioluminescence in vivo
Imagerie de fluorescence 2D in vivo en temps réel aux
longueurs d’ondes de 480 à 800 nm
Imagerie FRET in vivo
Imagerie de Fluorescence 3D in vivo
Imagerie de Fluorescence macroscopique à capacité de
zoom de 1 à 1600x aux longueurs d’ondes de 360 à 750
nm
Systèmes portatifs d’imagerie de fluorescence pour
l’imagerie per opératoire des petits et gros animaux
Imagerie microCT à haute résolution (<14 µm)
Tous nos instruments sont équipés de systèmes
d’anesthésie gazeuse et de maintien de température
Moyens biologiques
Nombreuses lignées cellulaires cancéreuses murines ou
humaines exprimant la luciférase de façon stable.
Nombreux modèles animaux de cancers murins ou
humains implantés en sous cutané ou sur leur site naturel
(orthotopique) ou sur leur site métastatique :
Cancer primaire du poumon
Cancer primaire mammaire métastasant au poumon, au
cerveau, aux os
Cancer primaire colorectal métastasant au foie
Glioblastome
Cancer primaire de la prostate
Carcinose péritonéale (cancer ovarien)
Mélanome
Cancer du pancréas
Animalerie agréée pour l'hébergement des souris (y
compris nudes et transgéniques) et des rats
Description

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