2. Nucleotides Linked by Phosphodiester Bond
5’ 5’
A kind of phospho-polysaccharides
2- P
R 1
PO 4
P
1 R 2
3’ P
3
OH R
2-
5’ P
O 4
- PO 4 R
O -P= O P
Juang RH (2004) BCbasics
5
O
2 R
P
Phosphodiester bond 6
R
3’ O H 3’
3. The Notation for Nucleic Acids
A T C G A T C G
5’ 3’
P OH
B 1’ 5’ pApTpCpGpApTpCpG-OH 3’
2’ 5’ pATCGATCG-OH 3’
R
3’
P ATCGATCG
5’
Juang RH (2004) BCbasics
4. The Two Chains of DNA Are Antiparallel
5’ 3’
5’ pApTpCpGpApTpCpG-OH 3’
pCpGpApTpCpGpApT-OH 3’ 5’
3’ 5’
Juang RH (2004) BCbasics
5. Characteristics of Double Helix
5’ 3’
1
2 36 Å
3
4
5
6 Large groove
Sm all groove
7
8
9
10
5’ 3’
1 Tw ist = 1 0.5 b p
Juang RH (2004) BCbasics
Editor's Notes
核苷酸 是由三部份構造所組成，每一部份又可有數種選擇；例如五碳糖部分，可能是核糖 (ribose) 或是去氧核糖 (deoxyribose) ，此種差別造成了 DNA 與 RNA 在性質與構造上的不同。 我們所常見的 ATP 分子，是含有核糖，若核糖改成去氧核糖，則寫成 dATP 。上圖只是畫出大略的構造關係，請自行在課本上找出確實的分子構造，要能自己默寫出詳細構造才可以；尤其各種鹼基之間，以氫鍵連結的配對情形，一定要十分清楚。 生命的奧祕，幾乎盡藏於此。
兩條 DNA 核酸配對在一起時，其 5’-3’ 方向剛好相反；這兩股 DNA 互相捲繞成為有名的雙螺旋構造。 這種方向性，對核酸的複製及轉錄很重要，因為這些活動都有一定的方向。
雙螺旋 是一條雙股重複扭曲的螺旋鏈，其重複出現的扭曲單位如上圖所示；以常見的 B 型 DNA 而言，每 10.5 bp 形成一個扭曲單位，長度有 3.6 nm ； 注意每一個扭曲單位中， DNA 的一股會交過另一股一次。 因為分子的扭曲並非對稱，因此分子表面會形成大小凹谷，這些凹谷對核酸與蛋白質的相互作用關係，有很大的貢獻。 同時因為磷酸脊骨露在外面，因此核酸的外側有相當大的負電聚集；若把 DNA 溶在純水裡，則兩股磷酸脊骨會互相排斥，造成 DNA 的兩股分開而變性沈澱，故 DNA 都要溶在含有離子的溶液中 (TE buffer) 。
