Japan.R#4 LT

1. 変態にRを与えた結果がこれだよ…8
とにかくplotしてみた結果 ver 2
20131207
Japan.R#4 @ヤフー株式会社
YF@Med_KU

2. この記事はR Advent Calendar 2013の
12月7日の配当記事です。

3. プロットに図を貼る
Rで描いた図
52枚あるよ
タイトル
{PNG}
ラスター画像の貼り付け
{package}や使った手法の説明
残り時間
(これ以降出ないけど)
参照
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131122
http://cran.r-project.org/web/packages/png/index.html

4. 二変数プロット
{aplpack}
{siar}
{ade4}
二次元プロット
ヒストグラム
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131012

5. ggplotっぽいdataframe.plot
{GGally}
デフォだと上下三角で同じものを
プロットするので無駄
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130920
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130412

6. 確率分布からの試験合格率
(r, q, p, d) prob.dist
確率分布の(乱数，累積，確率，密度)
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130821
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130202

7. Rの確率分布
{igraph}
Rにある確率分布の数学的関係
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130603

8. 対応のあるANOVA
aov
実験時刻と人に対応がある
ときの分散分析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130911

9. 多群検定
boxplot, segments
低水準関数でゴリ押し
医学系はなぜかこういうプロット
が多い
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130304

10. 多重検定補正
p.adjust
Bonferroni, FDR, BY, BHなど多数の補正法
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130306

11. 欠損値補完
{mice}
imputation
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131028

12. 内挿
smooth.spline
多項式近似
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131121
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121210

13. 非線形回帰と予測
{drc}
ロジスティック曲線
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131110

14. 分散拡大係数 VIF
{VIF}
重回帰分析の過剰適合を
抑えるための変数選択
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130904

15. 項目応答理論
{ltm}
多選選択肢式試験の判別能
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130903

16. 生存解析とシミュレーション
{survival}
中央生存値の比較
必要サンプル数の算出
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131121

17. 時系列解析と予測
{ChangeAnomalyDetection}
{bcp}
{burst}
時系列解析と
バースト検出
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131110
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131001
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130527
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130525
http://d.hatena.ne.jp/yokkuns/20120930

18. ベン図
{gplots}
{VennDiagram}
ベン図
5つの集合まで描ける
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130531

19. ネットーワークの相同性
{igraph}
GRAAL
ネットーワーク同士の近似性計算
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131115

20. コミュニティ検出
{linkcomm}
コミュニティ検出
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007

21. ネットワークの時系列変化

22. ネットーワークの動的変化
{igraph}
{animation}
複雑ネットーワークの時間変化
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131110

23. ネットーワークレイアウト
{igraph}
tkplot
tkplot.getcoords
layout.*
ネットーワークレイアウト関数と
GUI微調整
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106

24. サラリーマン巡回問題
{TSP}
祇園祭の最適巡回路
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715

25. Google mapと連携
{RgoogleMaps}
Webブラウザっぽく地図が取れる
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921

26. 日本地図と都道府県
{susurvey}
地図と統計量のプロット
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131027

27. {igraph}と{spsurvey}のコラボ
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912

28. 音響解析
{sound}
{seewave}
{tuneR}
音響解析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131107

29. 形態素解析とトピックモデル
{RMeCab}
{lda}
{topicmodels}
文章解析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131105
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130812
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130805

30. 声優本人にプレゼン!!
http://www.slideshare.net/Med_KU/20131124-28567537

31. 形態素・文章解析
{RMeCab}
文章のN-gram解析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130216

32. 機械学習とクラスタリング
{gplots}, {glmnet}, {e1071}
アイドルマスター分類問題
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130121
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130120

33. Microarray analysis
{affy}
{genefilter}
{gplots}
マイクロアレイという
大規模データの解析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130427

34. 時系列データの相関
{GeneNet}, {ggm}
Graphical Gaussian Modelによる相関
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130409

35. 順位相関
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130604

36. 樹形図・クラスタリング
{ape}, {gplots}
hclust
距離に基づくクラスタリング
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130621
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20120119

37. ROC解析
{pROC}
ROC解析による検査手法の精度
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121227

38. 主成分分析
prcomp
にっこにこにー
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130115

39. 外れ値検出
近傍点3つからの距離
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130318
Proceedings of the 2000 ACM SIGMOD international conference on Management of data. SIGMOD '00: 93–104

40. 安定マッチング問題
{SyNet}
2012年ノーベル経済学賞
結婚安定化問題
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130509

41. 線形計画法
{lpSolve}, {snow}, {foreach}
線形計画法による班分けとスケジュール調整
その並列計算シミュレーション
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130207

42. 数理モデル
{animation}
心ベクトル(cardioids)による心電図
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130111

43. 数理モデル
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20120917

44. 数理モデル
{rgl}
拡散方程式の3次元拡張シミュレーション
http://d.hatena.ne.jp/KABIRA/20110701
http://d.hatena.ne.jp/KABIRA/20110204

45. Meta-analysis
{meta}, {rmeta}
複数の研究の統合をする研究
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121104
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121031

46. 画像解析
{EBImage}
画像認識・処理
http://d.hatena.ne.jp/Rion778/20091210

47. 塩基配列の数理的解析
{seqinr}, {bio3d}
塩基配列とタンパク質の解析
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130415

48. GWAS
Genome Wide Association Study
{mapLD}
ヒトの遺伝子を(ほぼ)網羅する
マーカーを使って病気との
相関を調べる。
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121016

49. 家系図
{kinship}
Overflowのとある人物の家系図
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20120728

50. 3Dプリンター
http://mokjpn.blogspot.jp/2011/12/r-advent-calendar-rrthe-stanford-3d.html
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130127
http://graphics.stanford.edu/data/3Dscanrep/

51. 3次元プロット
{rgl}
関数(座標)があれば3次元プロット
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20120808

52. 関数のプロット
関数さえあれば…
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130507
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130506

53. Rで作るGIFアイコン
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20121228
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20120403