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cyREST入門～RとCytoscapeのAPI連携～
- 2. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 2 自己紹介 • 名前 佐藤 満紀(@sato_mitsunori) • 出身 山形県 酒田市 • 仕事 花王株式会社 マーケティング部門でデータ分析 • 趣味 スキー 今シーズンの滑走日数はまだ１日
- 9. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 9 Ｃｙｔｏｓｃａｐｅの準備 • Cytoscape ※3.1以上 http://www.cytoscape.org/ ダウンロードしてインストール • cyREST ※Cytoscape App あとで説明 • Java 7 or 8 Cytoscape 3.2.1 から Java8対応
- 12. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 12 ＡＰＩ動作確認 • http://localhost:1234/v1 Cytoscape起動状態で • netstat -an プロトコル ローカル アドレス 外部アドレス 状態 TCP 0.0.0.0:1234 0.0.0.0:0 LISTENING OK {"apiVersion":"v1","numberOfCores":8,"memoryStatus":{"usedMemor y":92,"freeMemory":1870,"totalMemory":1963,"maxMemory":27618}} OK JSON表示されました cyREST 0.9.7から 他PCとの連携も可か？
- 14. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 14 基本的な流れ 1. graphオブジェクト準備 2. graph → JSON 変換 レイアウト適用4. レイアウト変更 グラフデータ受信 POST 3. JSONデータ送信 GET network ID
- 15. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 15 Ｒコード # 1. graphオブジェクト準備 library(igraph) g <- barabasi.game(1000, directed=FALSE) # 2. graph → JSON 変換 library(RJSONIO) library(httr) devtools::source_url( "https://raw.githubusercontent.com/idekerlab/cy-rest-R/develop/toCytoscape.R" ) cygraph <- toCytoscape(g) # 3. JSONデータ送信 res <- POST(url=“http://localhost:1234/v1/networks”, body=cygraph, encode="json") network.suid <- unname(fromJSON(rawToChar(res$content))) # 4. レイアウト変更 GET(paste( “http://localhost:1234/v1/apply/layouts/force-directed/”, toString(network.suid), sep="")) グラフオブジェクトからJSONに変換する関数 Cytoscape開発コアメンバーの大野さんが 準備してくれました。 ここはレイアウトアルゴリズム名 グラフオブジェクト生成
- 17. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 17 プロキシ環境のあなたは devtools::source_url( "https://raw.githubusercontent.com/idekerlab/cy-rest-R/develop/toCytoscape.R" ) set_config(use_proxy(url="http://xxx", port=yyy, username=“uuu", password=“ppp")) devtools::source_url( "https://raw.githubusercontent.com/idekerlab/cy-rest-R/develop/toCytoscape.R" ) reset_config() # プロキシ設定を戻す reset_config()重要です！
- 18. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 18 画像の保存だってできます GET(paste( "http://localhost:1234/v1/networks/", toString(network.suid), "/views/first.png?h=1200", sep=""), write_disk("hoge.png", overwrite=TRUE)) 画像の高さ ※横は自動 png <- content(GET( paste("http://localhost:1234/v1/networks/", toString(network.suid), "/views/first.png?h=600", sep=""))) plot(0:1, 0:1, type="n", xaxt="n", yaxt="n", bty="n", xlab=NA, ylab=NA) rasterImage(png, 0, 0, 1, 1) 出力ファイル名 Plotsパネルに出してみた
- 21. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 21 スタイルの変え方 1. デフォルトでインストールされている スタイルを適用する 2. スタイルを作る これ→ これ適用してみます→
- 22. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 22 スタイルの適用 # 5. スタイルの適用 GET(paste( “http://localhost:1234/v1/apply/styles/Universe/”, toString(network.suid), sep="")) ここはスタイル名 こんな感じになりました！
- 23. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 23 デフォルトのスタイル スタイルの一覧を取得してみる 適用するスタイル名に空白がある場合 http://localhost:1234/v1/styles ["Big Labels","default","BioPAX","Solid", "default black","Directed","Minimal","Nested Network Style", "Universe","Sample1","Ripple","BioPAX_SIF"] 空白は%20に置換しましょうね ex) "Big Labels" GET(paste( “http://localhost:1234/v1/apply/styles/Big%20Labels/”, toString(network.suid), sep="")) ここはスタイル名
- 24. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 24 スタイルの変え方 1. デフォルトでインストールされている スタイルを適用する 2. スタイルを作る これ→ これ適用してみます→
- 25. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 25 スタイル作成・適用の流れ 1. スタイル名 2. デフォルト スタイル適用 POST 3. マッピング 4. JSON作成 スタイル受信5. JSON送信 6. スタイル変更 GET list形式 → JSO
- 26. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 26 こんな感じ # 6.1. スタイル作成 style.name = "MyStyle1" # 6.2. デフォルト # network def.background.color <- list( visualProperty = "NETWORK_BACKGROUND_PAINT", value = "#000000" ) # Node def.node.color <- list( visualProperty = "NODE_FILL_COLOR", value = "#FFFFFF" ) # Edge def.edge.color <- list( visualProperty = "EDGE_STROKE_UNSELECTED_PAINT", value = "#FFFFFF" ) defaults <- list( def.background.color, def.node.color, def.edge.color) # 6.3. マッピング V(g)$degree <- degree(g) # 次数(ノードに接するエッジの数) min.degree = min(V(g)$degree) max.degree = max(V(g)$degree) point1 = list( value=min.degree, lesser= "1.0", equal="1.0", greater="1.0") point2 = list( value=max.degree, lesser="100.0", equal="100.0", greater="1.0") node.size.continuous.points = list(point1, point2) node.size = list( mappingType="continuous", mappingColumn="degree", mappingColumnType="Double", visualProperty="NODE_SIZE", points = node.size.continuous.points ) mappings = list(node.size) # 6.4. スタイルjson作成 style <- list(title = style.name, defaults = defaults, mappings = mappings) style.JSON <- toJSON(style) # 6.5. スタイルjson送信 POST(url="http://localhost:1234/v1/styles", body=style.JSON, encode = "json") # 6.6. スタイル変更 GET(paste("http://localhost:1234/v1/apply/styles", style.name, toString(network.suid),sep="/")) 全体の背景色 ノードの色 エッジの色 次数のmin,max 次数の値に応じた ノードの大きさ
- 30. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 30 がんばったら結構似てきた http://dig.do/cytoscape.org # グラフ生成 library(igraph) g <- static.power.law.game(no.of.nodes=10000, no.of.edges=30000, 2.3, 2.4)
- 32. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 32 ハマリポイント１ > res <- POST(url="http://localhost:1234/v1/networks", body=cygraph, encode="json") > 赤になっている → 右クリックで create view すれば良い 何も出ない！ 大きなグラフの場合に なることがあります # create view を実行するAPI POST(paste("http://localhost:1234/v1/networks/", toString(network.suid), "/views", sep=""))
- 33. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 33 ハマリポイント２ > GET(paste("http://localhost:1234/v1/apply/layouts/force-directed/", toString(network.suid), sep="")) Response [http://localhost:1234/v1/apply/layouts/force-directed/88116] Date: 2015-02-21 11:24 Status: 500 Content-Type: text/html;charset=ISO-8859-1 Size: 1.03 kB > レイアウトが適用されない 大きなグラフの場合に なることがあります メニュー → Layout → お好みのレイアウト で対応
- 34. 2015.02.21 第46回R勉強会@東京(#TokyoR) 34 なんかカクカクしてる？ Show Graphics Details するとキレイになる