Le but de cette présentation est de faire découvrir les plateformes Vitro et VIVO développées par l’université de Cornell. Vitro est une plate-forme d’édition, de navigation, de recherche et de publication de données en RDF. Son interface permet de modifier à la fois l’ontologie et les instances, et peut être customisé (pour la présentation ou la recherche). VIVO quant à lui est une adaptation particulière de Vitro pour les acteurs de la recherche scientifique. À l’Inra, nous avons utilisé VIVO pour proposer une version sémantique des publications scientifiques de l’Inra contenues dans l’archive institutionnelle Prodinra. Le résultat offre des fonctions de recherche/découverte/visualisation des acteurs de la recherche (personnes, structures), de leurs activités et productions, ainsi que des événements auxquels ils participent. Le projet a consisté en une migration des données de ProdInra vers VIVO, un chargement des données dans VIVO, une customisation de l’ontologie utilisée par VIVO ainsi que des templates d’affichage des données.

1. VIVO pour une application Web sémantique
Linked Open Publications (LOP)
Esther Dzalé Yeumo
Thomas Francart

2. Objectifs du projet LOP

3. Objectifs
•
Objectif 1 : mettre à disposition le contenu de la base des publications de l’Inra dans le Web de données

4. Objectifs
•
Objectif 2 : lier le contenu de la base des publications à d’autres référentiels Inra décrivant la recherche
–
Structures de recherche (centres, départements, unités, etc.)
–
Activités de recherche
–
Personnes
–
Champs thématiques

5. Objectifs
•
Objectif 3 : utiliser les technologies du text- mining pour annoter le contenu et mettre le résultat dans le Web de données
–
Lier les contenus Inra à des vocabulaires de référence dans nos domaines (Agrovoc, Gene Ontology, etc.)
–
Lier les contenus de l’Inra à des sources de données variées (banques de données génomiques et génétiques, etc.)
–
Offrir des fonctions de recherche, de visualisation et d’analyse intelligentes

6. Choix de VIVO

7. Pourquoi VIVO
•
VIVO nous permet de répondre rapidement aux objectifs 1 et 2
–
Intégration et mise à disposition d’informations actualisées, pertinentes et précises sur les personnes, les structures, leurs activités et leurs réalisations
•
VIVO offre des fonctions de recherche et de visualisation clé en main intéressantes

8. Intégration des données et mise à disposition dans le Web de données
Customisation de l’interface VIVO
Chargement des données dans VIVO
Rapprochement vers des référentiels externes
Transformation au format RDF
Récupération des données à partir des référentiels Inra
Annotation sémantique des contenus
Customisation de l’ontologie
Itérations successives

9. Résultats

10. Résultats
•
Résultat 1 : synthèse d’informations pertinentes et actualisées sur les personnes (agents Inra), les structures Inra, leurs activités et leurs productions
–
Mise en réseau de données de « silos » différents

15. Résultats
•
Résultat 2 : identification rapide/facile des experts d’un domaine
Champ thématique
Structures/Personnes
Map Of Science
Temporal graph
Disciplines dans lesquelles la structure/personne publie, sur la base des publications chargées dans VIVO
Comparaison graphique de la prodution des structures et des personnes

19. Limites, difficultés

20. Limites, difficultés
•
Mise à jour des informations
–
Modifications faites par les personnes via l’interface de VIVO vs mises à jour (semi)automatiques à partir des sources
–
Doublons avec les mêmes URIs lors de chargements successifs
•
Solution de contournement: réinitialisation de la base de données + reconfiguration de l’interface Web à chaque chargement
•
Solution à moyen terme: chargement des données dans un triple store Sesame
•
Performances : ralentissements observés pour
•
Le chargement des données via l’interface
•
La génération des graphiques

21. VIVO / VITRO
“Plateforme web sémantique et open- source de publication et de découverte de chercheurs et de leurs travaux de recherche”

22. Un peu de background
•
Cornell University, 2009, puis University of Florida
–
Suite d’autres projets de publications à Cornell depuis 2003
•
Portail officiel (liens vers les déploiements VIVO)
–
http://vivoweb.org
•
WIKI et documentation
–
https://wiki.duraspace.org/display/VIVO/VIVO
•
Introduction
–
https://wiki.duraspace.org/display/VIVO/Introduction+to+VIVO+2014+Workshop

23. (ORCID)

24. VITRO
•
Plate-forme « nue » de recherche, navigation, édition, publication de données RDF
•
90% du code de VIVO
•
Permet d’éditer son ontologie et ses données pour prototyper des applications
VIVO
•
Customisation de VITRO
•
Ontologie
•
Templates de pages (regroupement, ordre des propriétés)
•
Menus de navigation
•
Visualisations

26. foaf (personnes, organisations)
bibo (publications)
Skos (classifications)
event
vcard
vivo relationships

27. Gestion de l’ordre des auteurs
Gestion des personnes inconnues

28. Extension de l’ontologie
Conserver à la fois la sémantique riche des données et les fonctionnalités de l’application

29. .029
A use case of ontology adaptation: the Vivo Ontology adapted to the INRA
25/ 09/ 2014
1st European Ontology Network (EUON) Workshop, Amsterdam, The Netherlands
25 / 09 / 2014
Agent
Organization
Division
Private Sector Actor
Local Government
Specialized Public Institution
Research Center
Research Department
Ministry or Parliament
International Organization
INRA Unit
Experimental Unit
Research Support Unit
Research Unit
Service Unit
Person
INRA Staff
Other Person
European Organization
Authorship
Information Resource
has authorship
to an
Geopolitical Entity
Subject Area
has research interest
adresses
Dataset
Collection
Document
Software
Image
Map
Audio Document
Audio-Visual Document
Article
Book
Report
Academic Article
Editorial Article
Review
Research Paper
Interview
Correspondence
Letter to Publisher
Lecture Notes
Critical Review
Full Paper
Short Paper
Extended Abstract
Abstract
Conference Paper
Oral Presentation
Television Broadcast
Conference Poster
Chapter
Thesis
Patent
Proceedings
Working Paper
Research Note Book
Dictionary
Essay
Encyclopedia
Review
Comic Strip
Bibliography
Book Review
State of Art
Collective Scientific Expert Report
Foresight Report
Analysis Report
Outside Duty Report
Technical Report
Working Paper
Literature Review
Contract End Report
Tender Submission
Project Annual Report
Research Report
Vision Document
Contract of Agreed Objectives
Directoriales Report
Activity Report
Self Assessment Report
Situation Report
Charter
Guide Booklet
Quality Plan
Certification
Audit Report
Website
Database
Terminology
Ontology
FOAF
VIVINRA
VIVO core
BIBO
Event
Other Relation
Subtype Relation

30. .030
A use case of ontology adaptation: the Vivo Ontology adapted to the INRA
25/ 09/ 2014
1st European Ontology Network (EUON) Workshop, Amsterdam, The Netherlands
25 / 09 / 2014
Agent
Organization
Division
Private Sector Actor
Local Government
Specialized Public Institution
Research Center
Research Department
Ministry or Parliament
International Organization
INRA Unit
Experimental Unit
Research Support Unit
Research Unit
Service Unit
Person
INRA Staff
Other Person
European Organization
Authorship
InformationResource
has authorship
to an
Geopolitical Entity
Subject Area
has research interest
adresses
Dataset
Collection
Document
Software
Image
Map
Audio Document
Audio-Visual Document
Article
Book
Report
Conference Paper
Oral Presentation
Conference Poster
Chapter
Thesis
Patent
Proceedings
Working Paper
Event
Colloquium
Congress
Public Debate
Summer School
Exposition
Forum
Working Meeting
Open House Event
Study Day
Trade Exhibition
Symposium
Seminar
Round Table
Periodical
Journal
Published in
FOAF
VIVINRA
VIVO core
BIBO
Event
Other Relation
Subtype Relation

31. vivosearch.org
•
Portail de recherche fédérée sur les données provenant de plusieurs déploiements VIVO
•
Possible seulement grâce à des données ouvertes et connectées

32. Merci!
•
Contributeurs au projet
–
Andro Mathieu
–
Aubin Sophie
–
Aventurier Pascal
–
Cocaud Sylvie
–
Dedet Fanny
–
Dzalé Yeumo Esther
–
Francart Thomas
–
Lehenaff Diane
–
Li Linlu
–
Mader Claudine