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Estudios teóricos sobre el aislamiento sexual y las fuerzas evolutivas que explican el polimorfismo de una zona híbrida de  Littorina saxatilis. Andrés Pérez Figueroa Tesis Doctoral
Concepto biológico de especie (Mayr, 1942):   "conjunto de poblaciones que real o potencialmente pueden reproducirse entre sí, pero que están aisladas de otros grupos similares"  Especiación = Evolución del aislamiento reproductivo ¿Puede el aislamiento reproductivo desarrollarse dentro de una población continua? ,[object Object],[object Object],[object Object],Recientemente se han descrito algunos ejemplos que ilustran posibles casos de especiación en simpatría debida a factores ecológicos: Rundle y col., 2000; Shluter, 2001; Nosil y col., 2002; Rolán-Alvarez y col., 2004; Quesada y col., 2005 Especiación y aislamiento reproductivo
Especiación ecológica en las poblaciones gallegas del caracol marino  Littorina saxatilis
Zona intermareal del Atlántico Norte Muy polimórfica Dioica y de desarrollo directo Amplio rango de nichos ecológicos Littorina saxatilis
Rango intermareal (4m) Longitud del transecto 10-25 m HY Parches de mejillones y balanos SU RB mejillones SU OLEAJE  PREDACION  INSOLACIÓN balanos RB OLEAJE  PREDACION  INSOLACIÓN La zona intermareal rocosa
Estudios ecológicos: - Morfología (Johannesson y col., 1993) - Transplantes y experimentos de laboratorio (Rolán-Alvarez y col., 1997) - Tasa de crecimiento   (Johannesson y col., 1997) Evidencias experimentales Selección divergente Adaptaciones locales
Estudios genéticos: - Alozimas (Johannesson y col., 1993) - ADN mitocondrial y loci microsatélites (Rolán-Alvarez y col., 2004) - Análisis filogenético de ADN mitocondrial (Quesada y col., 2005) Evidencias experimentales No hay diferenciación a escala macrogeográfica Diferenciación significativa entre ecotipos en diferentes niveles separados por metros Barreras reproductivas surgidas por evolución paralela en las diferentes localidades
Profundizar en la comprensión de los factores evolutivos que han podido modelar las poblaciones de  Littorina saxatilis  de las costas expuestas de Galicia mediante el uso de una potente herramienta como es la simulación por ordenador.  Objetivos
1. Llevar a cabo una comparación de las propiedades de estimación de los estadísticos de aislamiento reproductivo más importantes de la literatura, para poder usar el menos sesgado cuando analicemos las poblaciones de estudio.   Objetivos
2. Investigar las propiedades de estimación en muestras de tamaño finito de un nuevo estadístico que permite medir el apareamiento asociativo para un carácter cuantitativo de manera individual en cada pareja.   Objetivos
3. Comprobar cómo interaccionan, cuando actúan simultáneamente, los factores evolutivos sugeridos por anteriores estudios empíricos como responsables del mantenimiento del polimorfismo. Esto permitirá buscar una explicación global al mantenimiento del polimorfismo observado.   Objetivos
4. Utilizar el modelo de simulación para obtener información de utilidad en la estimación empírica del censo efectivo en las poblaciones de  L. saxatilis , detectando el sesgo en la estimación en función del número de loci evaluados y de su posible vinculación a efectos selectivos.   Objetivos
PROPIEDADES DE ESTIMACIÓN DE DIFERENTES ESTADÍSTICOS DEL AISLAMIENTO SEXUAL. 1
Aislamiento reproductivo = impedimento de flujo génico Viven en diferentes lugares Tienen un aspecto diferente Tienen comportamientos diferentes Se reproducen en distintas épocas Tienen gametos incompatibles Su descendencia no es viable o fértil Aislamiento reproductivo
Experimento  de elección múltiple Aislamiento sexual:  tendencia de los individuos a evitar aparearse con congéneres del sexo opuesto procedentes de otras cepas, razas o especies (Gilbert y Starmer, 1985)   Fenotipo A Fenotipo B   Aislamiento sexual
Frec. marginales   Frec. de apareamientos Frec. de apareados Esperadas Totales ET aa = ( A )    ( A’ ) Esperadas Apareados EA aa =( aa+ab )  ( aa+ba ) aa  ab  ba  bb  Observadas A’ B’ A B aa  ab ba  bb aa+ab ba+bb aa+ba ab+bb ♀ ♂ EA aa   EA ab   EA ba   EA bb   Experimento de elección múltiple ET aa   ET ab   ET ba   ET bb   Propensión al apareamiento Elección de pareja Aislamiento Sexual Selección Sexual
Se usan las frecuencias de apareamientos observados Algunos de estos índices están algebraicamente relacionados El índice  I PSI  es el índice  I  aplicado a los estádisticos PSI (Rolán-Alvarez y Caballero, 2000) que miden los efectos del aislamiento sexual para cada tipo de pareja. Todos los índices pueden sesgarse en determinadas condiciones como la existencia de selección sexual o diferencias en las frecuencias marginales Homotípicos vs heterotípicos aa  ab  ba  bb Índice  I PSI Índice de Tilley y col.  Índice de Levene  Índice W i   Índice de discriminación Índice de Coyne y Orr  Índice YA  Índice de chi-cuadrado Índice Q de Yule Índice V de Yule Índice de Merrel Índice I Formula Estimador 1 ;  Estadísticos de aislamiento sexual
176  Casos simulados en total 0,0 0,053 0,111 0,177 0,25 0,333 0,429 0,538 0,666 0,818 1,0 C AB  =  C BA 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Nivel de aislamiento Coeficientes de elección de pareja (C) C AA  =  C BB  = 1   : prob. Apareamiento homotípico C AB  =  C BA  : prob. Apareamiento heterotípico Factores estudiados 1 0,5 0,5 1 Propensión 3 0,5 0,5 1 1 Propensión 2 1 0,1 1 1 Propensión 1 1 1 1 1 Neutral W B' W B W A' W A Coeficientes de eficacia 0,2 0,8 0,8 0,2 Desiguales 3 0,8 0,8 0,2 0,2 Desiguales 2 0,5 0,8 0,5 0,2 Desiguales 1 0,5 0,5 0,5 0,5 Iguales B' B A' A Frecuencias de morfos
FACTORES: -  Propensión al apareamiento (W) - Elección (C) -  Frecuencias marginales 1.- Se calculan las frecuencias esperadas de los diferentes tipos de apareamiento, aa   =   A   x   A’   x   W A   x   W A’   x  C aa 2.- Se simula el remuestreo de N parejas en función de la probabilidad de  ser de un tipo u otro. Así,   aa   en función de p( A   x   A’   x   W A   x   W A’   x  C aa ) 3.- Se calculan los diferentes índices utilizando: los coeficientes de elección (aislamiento sexual  a priori ) frecuencias esperadas (aislamiento sexual  a posteriori ) frecuencias observadas (aislamiento sexual de remuestreo  a posteriori ) ,[object Object],[object Object],[object Object],A’ B’ A B aa   ab ba   bb aa+ab ba+bb aa+ba ab+bb Simulación de un experimento de elección múltiple
Sesgo asintótico = A.S.  a posteriori   - A.S.  a priori mediana 50% 50% Rango intercuartílico 50% Per. 25 Per. 75 1,5 veces el rango intercuartílico 1,5 veces el rango intercuartílico Valores atípicos   Valores atípicos   YA  Q  I PSI   V   2   I  Co  Ti   Índice de aislamiento sexual Sesgo asintótico
YA  Q  I PSI   V   2   I  Co  Ti   Índice de aislamiento sexual Sesgo asintótico
Sesgo total =  A.S. de remuestreo  a posteriori   -  A.S.  a priori YA  Q  I PSI   V   2   I  Co  Ti   Índice de aislamiento sexual YA  Q  I PSI   V   2   I  Co  Ti   Índice de aislamiento sexual Sesgo total Nos centraremos en los 4 mejores índices: YA,   Q ,  I PSI  y  V
Efecto del nivel de aislamiento
Efecto del tamaño de muestra
Por bootstrapping: I PSI  = 0,007 V  = 0,001 Tamaños de muestra:  20  y  100  parejas Prueba paramétrica asociada
[object Object],Los estadísticos  Q  e  YA , mostraron sesgos importantes con tamaños de muestra reducidos. Sin embargo, estos índices están entre las mejores alternativas si el tamaño de muestra es mayor de 100 parejas. Los índices  χ2 ,  Co  y  Ti  deben evitarse en la estimación del aislamiento sexual, dado que presentan un sesgo muy elevado cuando se estiman con frecuencias desiguales de morfos o con diferentes propensiones al apareamiento. Conclusiones
ESTIMACIÓN DE LAS CONTRIBUCIONES DE CADA PAREJA AL APAREAMIENTO ASOCIATIVO UTILIZANDO DATOS DE UN CARÁCTER CUANTITATIVO.  2
Los individuos de muchas especies escogen cuidadosamente a su pareja con el fin de evitar desperdiciar energía y tiempo a causa de apareamientos fallidos por inviabilidad o esterilidad en la descendencia (Andersson, 1994).   Apareamiento asociativo tendencia de los machos de una clase determinada a reproducirse preferentemente con hembras de la misma clase  (Jonsson y Jonsson, 2001)   El tipo más frecuente es el  apareamiento asociativo para el tamaño ¿estrategia para maximizar la tasa de fecundación ? Facilita el aislamiento reproductivo entre morfos (si hay diferencias de tamaño) Apareamiento asociativo
Habitualmente se estima a partir de datos de cópulas mediante el coeficiente de correlación de Pearson (  r  ) Valor poblacional Conde-Padín y col.  Modificación del coeficiente de correlación de Pearson: Coeficiente de correlación individual (  r i  )   - estimado para cada pareja - permite estudiar las causas del apareamiento asociativo con      técnicas de regresión múltiple Distribución de  r i  a tamaños de muestra infinitos función del coeficiente de correlación teórico (apareamiento asociativo) Estimación del apareamiento asociativo (carácter cuantitativo)
Se simula el muestreo de cópulas generando pares de valores  X   e  Y Una vez obtenido el valor  X   se obtiene el  Y Se estandarizan los valores para cada muestra. Se calculan los  r i  para cada pareja Se obtiene la distribución de  r i  para cada muestra Diferentes tamaños de muestra (1000, 500, 100, 50 y 20 parejas) Simulación del muestreo de cópulas Distribución de partida de los valores  X Caso 1 : N(0,1) Caso 2 : Uniforme entre 0 y  Caso 3 : chi-cuadrado con 10 grados de libertad Y  =  X  + E Donde  E   ~ N(0, σ E ) Caso 1 y 2: Caso 3:
Caso Normal 1000 parejas Distribución del estadístico en función de la correlación
Caso Normal 100 réplicas El estadístico no se sesga por el muestreo apropiado para uso con tamaños biológicos de muestra ( 20 parejas) Efecto del tamaño de muestra 4,90 2,04 1,31 0,95 3,05 0,10 0,94 0,01 20 7,31 2,39 1,36 0,99 5,06 -0,11 0,99 -0,02 100 12,00 2,82 1,41 1,00 6,00 0,00 1,00 0,00 ∞ k ( r i ) a ( r i ) σ ( r i ) µ ( r i ) k ( r i ) a ( r i ) σ ( r i ) µ ( r i ) Tamaño de muestra ρ XY  = 1 ρ XY  = 0
Se mantine la tendencia El estadístico podría usarse en condiciones de no normalidad del carácter en la población Comparación de modelos
La distribución del estadístico  r i  depende del grado de apareamiento asociativo, y no parece verse afectada por el muestreo ni por la distribución del carácter.  Conclusiones
CONTRIBUCIÓN RELATIVA DE LAS FUERZAS EVOLUTIVAS RESPONSABLES DEL POLIMORFISMO DE  LITTORINA SAXATILIS  EN LAS COSTAS GALLEGAS.   3
La selección natural responsable de adaptaciones locales Los híbridos sobreviven a una tasa similar a la de las formas puras Escaso flujo génico a escala macrogeográfica pero relativamente elevado entre ecotipos en la zona media aislamiento reproductivo debido a la microagregación y apareamiento asociativo para el tamaño El sistema se considera un caso de especiación simpátrica incompleta La zona híbrida de  L. saxatilis  en Galicia
Zona alta Zona media Zona baja Nm Nm N=1000 Nm Nm Nm Nm Nm N=1000 N=1000 N=1000 N=1000 N=1000 Estructura de la población simulada
SI Cálculo de variables Entrada de datos y parámetros ¿réplica 50? Salida de resultados ¿generación 500? Asignación de fenotipos Selección Migración NO SI FIN Asignación de genotipos Apareamiento Inicialización de variables NO Flujo de simulación
RB HY SU 0 5 – 95 50 4 (20) + 26 (1) sim9 50 45 – 55 50 4 (20) + 26 (1) sim8 0 45 – 55 100 4 (20) + 26 (1) sim7 0 45 – 55 0 4 (20) + 26 (1) sim6 0 45 – 55 0 1 (106) sim5 0 45 – 55 50 infinitesimal sim4 0 45 – 55 50 1 (106) sim3 0 45 – 55 50 30 (3,53) sim2 0 45 – 55 50 4 (20) + 26 (1) sim1 Varianza de plasticidad fenotípica Percentiles de definición del HY Varianza ambiental Genes seleccionados (efectos en homocigosis) Simulación Parámetros de las simulaciones
Factores simulados Flujo Génico Nm 0,5 8 20 40 Selección en la Zona Híbrida Eficacia RB: HY: SU 0,5:1:0,5 (ventaja del HY) 1:1:1 (neutra) 1:0,5:1 (desventaja del HY) 1:0:1 (Inviabilidad del HY) Selección en las Zonas Puras Eficacia ecotipo residente: HY: no residente 1:1:1 (neutra) 1:1:0,5 (moderada) 1:0,67:0,33 (intensa) 1:0:0 (extrema) Aislamiento Reproductivo I 1 (total) 0,67 0,33 0 (ap. aleatorio)
Índice de ajuste Para comparar los resultados simulados y los empíricos construimos un: índice de ajuste    mejor ajuste de las simulaciones a las observaciones empíricas
Ajuste de las simulaciones Definición amplia del fenotipo híbrido (percentiles 5 – 95)
Efecto de los factores
Efecto de los factores
Efecto de los factores
Efecto de los factores
Sim10: Nm  = 20;  I  = 0,67; selección extrema en las zonas puras Otros factores Estructura genética Número de genes (y efecto)   1 4 (grande) + 26 (pequeño) 30 (igual) Infinitesimal Definición del híbrido Percentiles 45 –55 (estrecha) 0,05 – 0,95 (amplia) Varianza ambiental   Sin varianza Moderada Alta Plasticidad fenotípica Ninguna  Moderada
Otros factores
Otros factores
Otros factores
La eficacia biológica de los híbridos no parece ser un factor clave para el mantenimiento del polimorfismo. El polimorfismo puede explicarse por un alto flujo génico, un aislamiento reproductivo fuerte pero incompleto y una selección diversificadora de moderada a fuerte Los escenarios genéticos que permiten un mejor ajuste a los datos observados son aquéllos en los que hay un número considerable de loci contribuyendo al carácter y con una definición restringida del fenotipo híbrido.  Conclusiones
APLICACIÓN DEL MODELO DE SIMULACIÓN: INVESTIGANDO LAS PROPIEDADES DE ESTIMACIÓN DEL CENSO EFECTIVO DE POBLACIÓN.   4
Uno de los parámetros básicos que determinan la composición genética de una población es su censo efectivo ( N e ). La magnitud del censo efectivo resume la tasa de deriva genética y el incremento en consanguinidad en una población.   El censo efectivo de una población se puede estimar evaluando el cambio temporal de la frecuencia de marcadores neutros (alozimas, microsatélites, etc.) asumiendo que dicho cambio se debe en exclusiva a la deriva genética (Waples, 1991; Wang, 2005)   Censo efectivo de población
Fernández y col. (2005) RB y SU de 3 localidades en tres periodos diferentes: 1989, 1999, 2003 5 loci alozímicos F ST  (RB) = 0,067  <  F ST  (SU) = 0,124 Consecuencia de diferencias en censos efectivos o tasas de migración? En un primer intento: Estimar  N e  a partir de los datos temporales en 1989 y 1999 ( ≈ 20 generaciones) para 2 loci:   Pgi  (4 alelos) y  Aat-1  (3 alelos) = 5 alelos independientes Diferenciación genética en  L.   saxatilis
[object Object],[object Object],[object Object],¿ESTIMACIÓN SESGADA? Cuantificación del sesgo mediante simulaciones Causas? - Número de alelos - loci selectivos - factores evolutivos Diferenciación genética en  L.   saxatilis
Nei y Tajima (1981) [ F c ] Pollak (1983) [ F k ] Wang (2001)  [ MLNE ] Estima de pseudo-verosimilitud N e   = censo efectivo F  = Varianza estandarizada de Wright de cambio de frecuencia génica n t  = tamaño de muestra en la generación  t t  = Numero de generaciones entre muestras Estimas basadas en estadísticos F Estimación del censo efectivo: métodos temporales
Se simuló la misma estructura de población usada anteriormente: 2 transectos con 3 niveles 500 generaciones Muestras en generación 480 y 500 para estimar  F c ,  F k  y  MLNE 50 réplicas (6 para  MLNE ) 30 loci neutros 15 loci neutros + 15 loci selectivos 30 loci selectivos 5 loci neutros Todos bialélicos: 5 loci bialélicos = 5 alelos independientes = datos empíricos Simulación Selección en la Zona Híbrida Eficacia RB: HY: SU 0.5:1:0.5 (ventaja del HY) 1:1:1 (neutra) Selección en las Zonas Puras Eficacia ecotipo residente: HY: no residente 1:1:1 (neutra) 1:0.67:0.33 (intensa)  Flujo Génico Nm   0.5 40 Aislamiento Reproductivo I PSI 0.67 0 (apareamiento aleatorio)
Comparación de los métodos temporales Computacionalmente muy intensivo. No reporta beneficios
Efecto de la selección, flujo génico y número de loci evaluados
A la vista de las simulaciones, las estimas del censo efectivo usando los datos de Pgi y Aat-1 de 1989 y 1999, podrían ser subestimas de hasta el 50% debido al bajo número de alelos independientes presentes. Fernández y col. (2005) ampliaron el muestreo en 2003, analizando 4 loci presentes en el estudio de 1989 y ampliando el número de alelos independientes a 10. Estimas de censo efectivo en  L. saxatilis
En las poblaciones de  L. saxatilis  de las costas expuestas de Galicia la estimación del censo efectivo de población se ve sesgada por la presencia de flujo génico y por el uso de un número bajo de alelos marcadores independientes, mientras que no parece que la estimación se vea afectada por la presencia de loci selectivos o por otros factores evolutivos. Conclusiones
 

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Estimación del aislamiento sexual en Littorina saxatilis

  • 1. Estudios teóricos sobre el aislamiento sexual y las fuerzas evolutivas que explican el polimorfismo de una zona híbrida de Littorina saxatilis. Andrés Pérez Figueroa Tesis Doctoral
  • 2.
  • 3. Especiación ecológica en las poblaciones gallegas del caracol marino Littorina saxatilis
  • 4. Zona intermareal del Atlántico Norte Muy polimórfica Dioica y de desarrollo directo Amplio rango de nichos ecológicos Littorina saxatilis
  • 5. Rango intermareal (4m) Longitud del transecto 10-25 m HY Parches de mejillones y balanos SU RB mejillones SU OLEAJE PREDACION INSOLACIÓN balanos RB OLEAJE PREDACION INSOLACIÓN La zona intermareal rocosa
  • 6. Estudios ecológicos: - Morfología (Johannesson y col., 1993) - Transplantes y experimentos de laboratorio (Rolán-Alvarez y col., 1997) - Tasa de crecimiento (Johannesson y col., 1997) Evidencias experimentales Selección divergente Adaptaciones locales
  • 7. Estudios genéticos: - Alozimas (Johannesson y col., 1993) - ADN mitocondrial y loci microsatélites (Rolán-Alvarez y col., 2004) - Análisis filogenético de ADN mitocondrial (Quesada y col., 2005) Evidencias experimentales No hay diferenciación a escala macrogeográfica Diferenciación significativa entre ecotipos en diferentes niveles separados por metros Barreras reproductivas surgidas por evolución paralela en las diferentes localidades
  • 8. Profundizar en la comprensión de los factores evolutivos que han podido modelar las poblaciones de Littorina saxatilis de las costas expuestas de Galicia mediante el uso de una potente herramienta como es la simulación por ordenador. Objetivos
  • 9. 1. Llevar a cabo una comparación de las propiedades de estimación de los estadísticos de aislamiento reproductivo más importantes de la literatura, para poder usar el menos sesgado cuando analicemos las poblaciones de estudio. Objetivos
  • 10. 2. Investigar las propiedades de estimación en muestras de tamaño finito de un nuevo estadístico que permite medir el apareamiento asociativo para un carácter cuantitativo de manera individual en cada pareja. Objetivos
  • 11. 3. Comprobar cómo interaccionan, cuando actúan simultáneamente, los factores evolutivos sugeridos por anteriores estudios empíricos como responsables del mantenimiento del polimorfismo. Esto permitirá buscar una explicación global al mantenimiento del polimorfismo observado. Objetivos
  • 12. 4. Utilizar el modelo de simulación para obtener información de utilidad en la estimación empírica del censo efectivo en las poblaciones de L. saxatilis , detectando el sesgo en la estimación en función del número de loci evaluados y de su posible vinculación a efectos selectivos. Objetivos
  • 13. PROPIEDADES DE ESTIMACIÓN DE DIFERENTES ESTADÍSTICOS DEL AISLAMIENTO SEXUAL. 1
  • 14. Aislamiento reproductivo = impedimento de flujo génico Viven en diferentes lugares Tienen un aspecto diferente Tienen comportamientos diferentes Se reproducen en distintas épocas Tienen gametos incompatibles Su descendencia no es viable o fértil Aislamiento reproductivo
  • 15. Experimento de elección múltiple Aislamiento sexual: tendencia de los individuos a evitar aparearse con congéneres del sexo opuesto procedentes de otras cepas, razas o especies (Gilbert y Starmer, 1985) Fenotipo A Fenotipo B   Aislamiento sexual
  • 16. Frec. marginales Frec. de apareamientos Frec. de apareados Esperadas Totales ET aa = ( A )  ( A’ ) Esperadas Apareados EA aa =( aa+ab )  ( aa+ba ) aa ab ba bb Observadas A’ B’ A B aa ab ba bb aa+ab ba+bb aa+ba ab+bb ♀ ♂ EA aa EA ab EA ba EA bb Experimento de elección múltiple ET aa ET ab ET ba ET bb Propensión al apareamiento Elección de pareja Aislamiento Sexual Selección Sexual
  • 17. Se usan las frecuencias de apareamientos observados Algunos de estos índices están algebraicamente relacionados El índice I PSI es el índice I aplicado a los estádisticos PSI (Rolán-Alvarez y Caballero, 2000) que miden los efectos del aislamiento sexual para cada tipo de pareja. Todos los índices pueden sesgarse en determinadas condiciones como la existencia de selección sexual o diferencias en las frecuencias marginales Homotípicos vs heterotípicos aa ab ba bb Índice I PSI Índice de Tilley y col. Índice de Levene Índice W i Índice de discriminación Índice de Coyne y Orr Índice YA Índice de chi-cuadrado Índice Q de Yule Índice V de Yule Índice de Merrel Índice I Formula Estimador 1 ; Estadísticos de aislamiento sexual
  • 18. 176 Casos simulados en total 0,0 0,053 0,111 0,177 0,25 0,333 0,429 0,538 0,666 0,818 1,0 C AB = C BA 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Nivel de aislamiento Coeficientes de elección de pareja (C) C AA = C BB = 1 : prob. Apareamiento homotípico C AB = C BA : prob. Apareamiento heterotípico Factores estudiados 1 0,5 0,5 1 Propensión 3 0,5 0,5 1 1 Propensión 2 1 0,1 1 1 Propensión 1 1 1 1 1 Neutral W B' W B W A' W A Coeficientes de eficacia 0,2 0,8 0,8 0,2 Desiguales 3 0,8 0,8 0,2 0,2 Desiguales 2 0,5 0,8 0,5 0,2 Desiguales 1 0,5 0,5 0,5 0,5 Iguales B' B A' A Frecuencias de morfos
  • 19.
  • 20. Sesgo asintótico = A.S. a posteriori - A.S. a priori mediana 50% 50% Rango intercuartílico 50% Per. 25 Per. 75 1,5 veces el rango intercuartílico 1,5 veces el rango intercuartílico Valores atípicos Valores atípicos YA Q I PSI V  2 I Co Ti Índice de aislamiento sexual Sesgo asintótico
  • 21. YA Q I PSI V  2 I Co Ti Índice de aislamiento sexual Sesgo asintótico
  • 22. Sesgo total = A.S. de remuestreo a posteriori - A.S. a priori YA Q I PSI V  2 I Co Ti Índice de aislamiento sexual YA Q I PSI V  2 I Co Ti Índice de aislamiento sexual Sesgo total Nos centraremos en los 4 mejores índices: YA, Q , I PSI y V
  • 23. Efecto del nivel de aislamiento
  • 24. Efecto del tamaño de muestra
  • 25. Por bootstrapping: I PSI = 0,007 V = 0,001 Tamaños de muestra: 20 y 100 parejas Prueba paramétrica asociada
  • 26.
  • 27. ESTIMACIÓN DE LAS CONTRIBUCIONES DE CADA PAREJA AL APAREAMIENTO ASOCIATIVO UTILIZANDO DATOS DE UN CARÁCTER CUANTITATIVO. 2
  • 28. Los individuos de muchas especies escogen cuidadosamente a su pareja con el fin de evitar desperdiciar energía y tiempo a causa de apareamientos fallidos por inviabilidad o esterilidad en la descendencia (Andersson, 1994). Apareamiento asociativo tendencia de los machos de una clase determinada a reproducirse preferentemente con hembras de la misma clase (Jonsson y Jonsson, 2001) El tipo más frecuente es el apareamiento asociativo para el tamaño ¿estrategia para maximizar la tasa de fecundación ? Facilita el aislamiento reproductivo entre morfos (si hay diferencias de tamaño) Apareamiento asociativo
  • 29. Habitualmente se estima a partir de datos de cópulas mediante el coeficiente de correlación de Pearson ( r ) Valor poblacional Conde-Padín y col. Modificación del coeficiente de correlación de Pearson: Coeficiente de correlación individual ( r i ) - estimado para cada pareja - permite estudiar las causas del apareamiento asociativo con técnicas de regresión múltiple Distribución de r i a tamaños de muestra infinitos función del coeficiente de correlación teórico (apareamiento asociativo) Estimación del apareamiento asociativo (carácter cuantitativo)
  • 30. Se simula el muestreo de cópulas generando pares de valores X e Y Una vez obtenido el valor X se obtiene el Y Se estandarizan los valores para cada muestra. Se calculan los r i para cada pareja Se obtiene la distribución de r i para cada muestra Diferentes tamaños de muestra (1000, 500, 100, 50 y 20 parejas) Simulación del muestreo de cópulas Distribución de partida de los valores X Caso 1 : N(0,1) Caso 2 : Uniforme entre 0 y Caso 3 : chi-cuadrado con 10 grados de libertad Y = X + E Donde E ~ N(0, σ E ) Caso 1 y 2: Caso 3:
  • 31. Caso Normal 1000 parejas Distribución del estadístico en función de la correlación
  • 32. Caso Normal 100 réplicas El estadístico no se sesga por el muestreo apropiado para uso con tamaños biológicos de muestra ( 20 parejas) Efecto del tamaño de muestra 4,90 2,04 1,31 0,95 3,05 0,10 0,94 0,01 20 7,31 2,39 1,36 0,99 5,06 -0,11 0,99 -0,02 100 12,00 2,82 1,41 1,00 6,00 0,00 1,00 0,00 ∞ k ( r i ) a ( r i ) σ ( r i ) µ ( r i ) k ( r i ) a ( r i ) σ ( r i ) µ ( r i ) Tamaño de muestra ρ XY = 1 ρ XY = 0
  • 33. Se mantine la tendencia El estadístico podría usarse en condiciones de no normalidad del carácter en la población Comparación de modelos
  • 34. La distribución del estadístico r i depende del grado de apareamiento asociativo, y no parece verse afectada por el muestreo ni por la distribución del carácter. Conclusiones
  • 35. CONTRIBUCIÓN RELATIVA DE LAS FUERZAS EVOLUTIVAS RESPONSABLES DEL POLIMORFISMO DE LITTORINA SAXATILIS EN LAS COSTAS GALLEGAS. 3
  • 36. La selección natural responsable de adaptaciones locales Los híbridos sobreviven a una tasa similar a la de las formas puras Escaso flujo génico a escala macrogeográfica pero relativamente elevado entre ecotipos en la zona media aislamiento reproductivo debido a la microagregación y apareamiento asociativo para el tamaño El sistema se considera un caso de especiación simpátrica incompleta La zona híbrida de L. saxatilis en Galicia
  • 37. Zona alta Zona media Zona baja Nm Nm N=1000 Nm Nm Nm Nm Nm N=1000 N=1000 N=1000 N=1000 N=1000 Estructura de la población simulada
  • 38. SI Cálculo de variables Entrada de datos y parámetros ¿réplica 50? Salida de resultados ¿generación 500? Asignación de fenotipos Selección Migración NO SI FIN Asignación de genotipos Apareamiento Inicialización de variables NO Flujo de simulación
  • 39. RB HY SU 0 5 – 95 50 4 (20) + 26 (1) sim9 50 45 – 55 50 4 (20) + 26 (1) sim8 0 45 – 55 100 4 (20) + 26 (1) sim7 0 45 – 55 0 4 (20) + 26 (1) sim6 0 45 – 55 0 1 (106) sim5 0 45 – 55 50 infinitesimal sim4 0 45 – 55 50 1 (106) sim3 0 45 – 55 50 30 (3,53) sim2 0 45 – 55 50 4 (20) + 26 (1) sim1 Varianza de plasticidad fenotípica Percentiles de definición del HY Varianza ambiental Genes seleccionados (efectos en homocigosis) Simulación Parámetros de las simulaciones
  • 40. Factores simulados Flujo Génico Nm 0,5 8 20 40 Selección en la Zona Híbrida Eficacia RB: HY: SU 0,5:1:0,5 (ventaja del HY) 1:1:1 (neutra) 1:0,5:1 (desventaja del HY) 1:0:1 (Inviabilidad del HY) Selección en las Zonas Puras Eficacia ecotipo residente: HY: no residente 1:1:1 (neutra) 1:1:0,5 (moderada) 1:0,67:0,33 (intensa) 1:0:0 (extrema) Aislamiento Reproductivo I 1 (total) 0,67 0,33 0 (ap. aleatorio)
  • 41. Índice de ajuste Para comparar los resultados simulados y los empíricos construimos un: índice de ajuste  mejor ajuste de las simulaciones a las observaciones empíricas
  • 42. Ajuste de las simulaciones Definición amplia del fenotipo híbrido (percentiles 5 – 95)
  • 43. Efecto de los factores
  • 44. Efecto de los factores
  • 45. Efecto de los factores
  • 46. Efecto de los factores
  • 47. Sim10: Nm = 20; I = 0,67; selección extrema en las zonas puras Otros factores Estructura genética Número de genes (y efecto) 1 4 (grande) + 26 (pequeño) 30 (igual) Infinitesimal Definición del híbrido Percentiles 45 –55 (estrecha) 0,05 – 0,95 (amplia) Varianza ambiental Sin varianza Moderada Alta Plasticidad fenotípica Ninguna Moderada
  • 51. La eficacia biológica de los híbridos no parece ser un factor clave para el mantenimiento del polimorfismo. El polimorfismo puede explicarse por un alto flujo génico, un aislamiento reproductivo fuerte pero incompleto y una selección diversificadora de moderada a fuerte Los escenarios genéticos que permiten un mejor ajuste a los datos observados son aquéllos en los que hay un número considerable de loci contribuyendo al carácter y con una definición restringida del fenotipo híbrido. Conclusiones
  • 52. APLICACIÓN DEL MODELO DE SIMULACIÓN: INVESTIGANDO LAS PROPIEDADES DE ESTIMACIÓN DEL CENSO EFECTIVO DE POBLACIÓN. 4
  • 53. Uno de los parámetros básicos que determinan la composición genética de una población es su censo efectivo ( N e ). La magnitud del censo efectivo resume la tasa de deriva genética y el incremento en consanguinidad en una población. El censo efectivo de una población se puede estimar evaluando el cambio temporal de la frecuencia de marcadores neutros (alozimas, microsatélites, etc.) asumiendo que dicho cambio se debe en exclusiva a la deriva genética (Waples, 1991; Wang, 2005) Censo efectivo de población
  • 54. Fernández y col. (2005) RB y SU de 3 localidades en tres periodos diferentes: 1989, 1999, 2003 5 loci alozímicos F ST (RB) = 0,067 < F ST (SU) = 0,124 Consecuencia de diferencias en censos efectivos o tasas de migración? En un primer intento: Estimar N e a partir de los datos temporales en 1989 y 1999 ( ≈ 20 generaciones) para 2 loci: Pgi (4 alelos) y Aat-1 (3 alelos) = 5 alelos independientes Diferenciación genética en L. saxatilis
  • 55.
  • 56. Nei y Tajima (1981) [ F c ] Pollak (1983) [ F k ] Wang (2001) [ MLNE ] Estima de pseudo-verosimilitud N e = censo efectivo F = Varianza estandarizada de Wright de cambio de frecuencia génica n t = tamaño de muestra en la generación t t = Numero de generaciones entre muestras Estimas basadas en estadísticos F Estimación del censo efectivo: métodos temporales
  • 57. Se simuló la misma estructura de población usada anteriormente: 2 transectos con 3 niveles 500 generaciones Muestras en generación 480 y 500 para estimar F c , F k y MLNE 50 réplicas (6 para MLNE ) 30 loci neutros 15 loci neutros + 15 loci selectivos 30 loci selectivos 5 loci neutros Todos bialélicos: 5 loci bialélicos = 5 alelos independientes = datos empíricos Simulación Selección en la Zona Híbrida Eficacia RB: HY: SU 0.5:1:0.5 (ventaja del HY) 1:1:1 (neutra) Selección en las Zonas Puras Eficacia ecotipo residente: HY: no residente 1:1:1 (neutra) 1:0.67:0.33 (intensa) Flujo Génico Nm 0.5 40 Aislamiento Reproductivo I PSI 0.67 0 (apareamiento aleatorio)
  • 58. Comparación de los métodos temporales Computacionalmente muy intensivo. No reporta beneficios
  • 59. Efecto de la selección, flujo génico y número de loci evaluados
  • 60. A la vista de las simulaciones, las estimas del censo efectivo usando los datos de Pgi y Aat-1 de 1989 y 1999, podrían ser subestimas de hasta el 50% debido al bajo número de alelos independientes presentes. Fernández y col. (2005) ampliaron el muestreo en 2003, analizando 4 loci presentes en el estudio de 1989 y ampliando el número de alelos independientes a 10. Estimas de censo efectivo en L. saxatilis
  • 61. En las poblaciones de L. saxatilis de las costas expuestas de Galicia la estimación del censo efectivo de población se ve sesgada por la presencia de flujo génico y por el uso de un número bajo de alelos marcadores independientes, mientras que no parece que la estimación se vea afectada por la presencia de loci selectivos o por otros factores evolutivos. Conclusiones
  • 62.  

Editor's Notes

  1. Con el permiso del tribunal procederé a la exposición, y posterior defensa, de la Tesis Doctoral que lleva por título: Estudios teóricos sobre el aislamiento sexual y las fuerzas evolutivas que explican el polimorfismo de una zona híbrida de Littorina saxatilis.
  2. Uno de los grandes debates de la Biología está relacionado con el problema de definir la entidad que conocemos como especie. La definición más utilizada habitualmente es el llamado Concepto biológico de especie acuñado por Mayr y que define a una especie como un conjunto de poblaciones que real y potencialmente pueden reproducirse entre sí, pero que están aisladas de otros grupos similares. Por tanto, si las especies son entidades que se encuentran reproductivamente aisladas unas de otras, el estudio de la especiación tendrá que empezar por la evolución de dicho aislamiento. Así pues, transcurrido el tiempo suficiente, la especiación es la consecuencia lógica del aislamiento geográfico o físico de dos poblaciones. Sin embargo existe cierta controversia sobre si el aislamiento reproductivo puede desarrollarse en ausencia de barreras físicas en el seno de una población simpátrica. Para que esto pueda darse es necesario una reducción del flujo génico entre las poblaciones divergentes, que podría surgir bien a consecuencia de una desventaja selectiva de los híbridos, lo que constutuye la hipótesis del refuerzo, o bien como consecuencia de la selección divergente que provoca una adaptación diferencial a las condiciones ecológicas locales. Recientemente se ha descrito algunos buenos ejemplos que ilustran posibles casos de especiación en simpatría debido a factores ecológicos.
  3. Uno de esos casos es el que describe la especiación ecológica incipiente en las poblaciones del caracol marino Littorina saxatilis en las costas expuestas del litoral gallego.
  4. Littorina saxatilis es una especie muy polimórfica de gasterópodo marino que se encuentra ampliamente distribuida en la zona intermareal de las costas del Atlántico Norte. Presenta sexos separados que pueden copular a lo largo de todo el año para producir juveniles que emergen del saco embrionario de la hembra como réplicas en miniatura de los adultos. Estos caracoles ocupan un amplio rango de nichos ecológicos diferentes desde estuarios a costas rocosas o incluso marismas saladas.
  5. En las costas rocosas expuestas de Galicia existen dos ecotipos adaptados a dos hábitats diferentes : el ecotipo RB habita en la zona alta de la región intermareal, en donde predominan los balanos sobre el substrato, y se caracteriza por la presencia de costillas y bandas en su concha. En esta zona, el ecotipo RB tiene que soportar una intensa predación por parte de cangrejos, así como una elevada tasa de insolación y desecación al permanecer mucho tiempo fuera del agua. El ecotipo SU habita en la zona más baja del intermareal, sobre un lecho de mejillones, y se caracteriza por una concha lisa, sin costillas ni bandas. En esta zona, el ecotipo SU tiene que soportar un intenso oleaje. En la zona intermedia, en donde se encuentra un lecho parcheado de mejillones y balanos, ambos ecotipos conviven en auténtica simpatría a pesar de que persiste alguna separación de micro-hábitats. En esta zona intermedia es donde los ecotipos hibridan formando el ecotipo HY.
  6. Algunos estudios ecológicos han demostrado que el matenimiento de este polimorfismo se debe a la existencia de selección divergente que hace que los ecotipos RB y SU se encuentren mejor adaptados a las caracteristcas de la zona alta y baja respectivamente. Los estudios genéticos realizados sobre estas poblaciones usando alozimas, ADN mitocondrial y loci microsatélites han mostrado que los ecotipos RB y SU no presentan una diferenciación genética significativa a escala macrogeográfica (entre distintas localidades separadas por decenas de kilómetros), mientras que la diferenciación sí es significativa a escala microgeográfica para cada una de las localidades (entre individuos de ambos ecotipos separados a diferentes niveles del intermareal por pocos metros), sugiriendo la presencia de barreras locales al flujo génico entre los dos ecotipos. Estos datossugieren que las barreras reproductivas entre los dos ecotipos han evolucionado independientemente en cada una de las localidades por evolución paralela sin un periodo de separación física.
  7. Algunos estudios ecológicos han demostrado que el matenimiento de este polimorfismo se debe a la existencia de selección divergente que hace que los ecotipos RB y SU se encuentren mejor adaptados a las caracteristcas de la zona alta y baja respectivamente. Los estudios genéticos realizados sobre estas poblaciones usando alozimas, ADN mitocondrial y loci microsatélites han mostrado que los ecotipos RB y SU no presentan una diferenciación genética significativa a escala macrogeográfica (entre distintas localidades separadas por decenas de kilómetros), mientras que la diferenciación sí es significativa a escala microgeográfica para cada una de las localidades (entre individuos de ambos ecotipos separados a diferentes niveles del intermareal por pocos metros), sugiriendo la presencia de barreras locales al flujo génico entre los dos ecotipos. Estos datossugieren que las barreras reproductivas entre los dos ecotipos han evolucionado independientemente en cada una de las localidades por evolución paralela sin un periodo de separación física.
  8. Los objetivos de este trabajo son los siguientes: El principal objetivo consiste en profundizar en la comprensión de los factores evolutivos que han podido modelar las poblaciones de Littorina saxatilis de las costas expuestas de Galicia hasta alcanzar la situación que puede observarse en la actualidad mediante el uso de una potente herramienta como es la simulación por ordenador. Para ello tenemos que alcanzar una serie de objetivos parciales, que se desarrollaran en capítulos separados:
  9. El objetivo del primer capítulo fue llevar a cabo una comparación de las propiedades de estimación de los estadísticos de aislamiento reproductivo más importantes de la literatura, para poder usar el menos sesgado cuando analicemos las poblaciones de estudio.
  10. En el segundo capítulo, tratamos de investigar las propiedades de estimación en muestras de tamaño finito de un nuevo estadístico que permite medir el apareamiento asociativo para un carácter cuantitativo de manera individual en cada pareja.
  11. En el tercer capítulo se buscaba comprobar cómo interaccionan, cuando actúan simultáneamente, los factores evolutivos sugeridos por anteriores estudios empíricos como responsables del mantenimiento del polimorfismo. Esto permitirá buscar una explicación global al mantenimiento del polimorfismo observado.
  12. Y por último se utilizó el modelo de simulación para obtener información de utilidad en la estimación empírica del censo efectivo en las poblaciones de L. saxatilis , detectando el sesgo en la estimación en función del número de loci evaluados y de su posible vinculación a efectos selectivos.
  13. Empezaremos por estudiar las propiedades de estimación de diferentes estadísticos del aislamiento sexual.
  14. El aislamiento reproductivo es el impedimento al flujo génico entre poblaciones. Existen diversos tipos de barreras reproductivas, que pueden catalogarse básicamente en precigóticas y postcigóticas en función del momento en el que se producen. Entre las barreras precigóticas hay que considerar toda aquella situación que implique que dos tipos (especies completas, especies incipientes, ecotipos, etc.) sean incapaces de aparearse. Las barreras postcigóticas incluyen la inviabilidad o la esterilidad de los híbridos (Mayr, 1970).
  15. El aislamiento sexual, definido como la tendencia de los individuos a evitar aparearse con congéneres del sexo opuesto procedentes de otras cepas, razas o especies constituye una parte esencial del aislamiento reproductivo precigótico. Por este motivo, una correcta cuantificación del grado de aislamiento sexual entre poblaciones puede ser muy importante para llegar a conclusiones correctas en el estudio de procesos de especiación incipientes. El comportamiento durante los apareamientos se ha estudiado individualmente mediante experimentos de “elección múltiple”, en donde machos y hembras de dos o más tipos, variedades o especies, se reúnen para observar su apareamiento durante un tiempo determinado
  16. Al final del experimento de elección múltiple obtenemos un cuadro como este en donde encontramos las frecuencias marginales, la frecuencia de apareamientos de cada tipo que se observó durante el experimento y la frecuencia observada de individuos apareados de cada tipo estudiado. Así pues, tenemos una serie de aparemientos observados de cada tipo. Podemos obtener las frecuencias esperadas de apareamientos a partir de los individuos apareados, así como podemos obtener también las frecuencias esperadas totales en función de las frecuencias marginales. La desviación de las frecuencias esperadas por los apareados respecto a las frecuencias esperadas totales está causada por la propensión al apareamiento de los diferentes tipos, que es lo que causa selección sexual. Por otra parte, la desviación de las frecuencias observadas respecto a las frecuencias esperadas por los apreados está causada por la elección diferencial de pareja, que es lo que causa el aislamiento sexual, y por tanto es lo que nos interesa medir.
  17. En esta tabla se muestran los estimadores del aislamiento sexual que se utilizan en la literatura. Todos ellos estiman el aislamiento sexual a partir de las frecuencias de apareamientos observados tratando de comparar los apareamientos homotípiocos con los heterotípicos aunque de diversas maneras. Algunos de estos índices están algebraicamente relacionados, los índices YA , DI , Wi y Zi están algebraicamente relacionados, pero sólo el YA tiene una corrección para valores cero en la tabla de apareamientos. El índice IPSI es el índice I con la característica de aplicarse a los estadísticos PSI que miden los efectos del aislamiento sexual para cada tipo de pareja. Dado que parten de las frecuencias observadas de apareamientos, todos los índices pueden sesgarse en determinadas condiciones como la existencia de selección sexual o diferencias en las frecuencias marginales.
  18. Para investigar las propiedades de estimación de esos índices, se simuló una combinación ortogonal de cuatro series de frecuencias marginales de morfos, tres de ellas con frecuencias desiguales, cuatro series de coeficientes de eficacia, tres de los cuales suponen propensión al apareamiento y once casos de coeficientes de elección de pareja para los apareamientos heterotípicos, que son la probabilidad conjunta de que una combinación dada de macho y hembra apareen. Estos coeficientes comprenden desde un caso con apareamiento aleatorio hasta el caso en que todos los apareamientos son homotípicos y por tanto hay aislamiento sexual completo. La combinación ortogonal de estos factores resulta en 176 escenarios simulados.
  19. En cada uno de esos escenarios se simuló un experimento de elección múltiple utilizando los valores correspondientes de los tres factores. Se investigaron dos modelos, un modelo llamado de laboratorio, en donde las frecuencias marginales son conocidas y permanecen fijas de un experimento a otro, y el modelo natural, en donde no se conocen las frecuencias marginales y se remuestrean. Para cada modelo, primeramente se calcularon las frecuencias esperadas de los diferentes tipos de apareamiento como el producto de las frecuencias marginales, los coeficientes de propensión al apareamiento y el coeficiente de elección correspondiente a ese tipo de apareamiento. Posteriormente se simula un proceso de muestreo de N parejas, asignando cada una a un tipo de apareamiento u otro con una probabilidad dada por las frecuencias esperadas. Y por último se calcularon los diferentes estadísticos de aislamiento utilizando, 1º los coeficientes de elección de pareja, lo que constituye una medida del aislamiento sexual a priori, 2º, las frecuencias esperadas de apareamientos, que mide el aislamiento sexual a posteriori, y 3º, las frecuencias observadas, que dan medida del aislamiento sexual de remuestreo a posteriori. Cada experimento se replicó 100000 veces
  20. En esta gráfica se muestran los resultados del sesgo asintótico, que es la diferencia entre el aislamiento sexual a posteriori y el aislamiento sexual a priori y por tanto no se ve influenciado por el proceso de muestreo. Para cada índice se representa la distribución de los 176 casos de la siguiente manera: la línea central representa la mediana y divide la distribución en dos partes iguales. Los extremos de la caja representan los percentiles 25 y 75, por lo que el tamaño de la caja representa el rango intercuartílico. Las barras de los extremos tienen una longitud de hasta 1,5 veces el rango intercuartílico, y los puntos marcan los valores atípicos.
  21. Así pues, el índice YA y el índice Q son los que muestran mejor comportamiento estadístico con tamaño de muestra infinito, dado que no presentan sesgo en ninguno de los escenarios estudiados. Los índices IPSI y V muestran un sesgo reducido en la mayoría de los casos. IPSI da valores centrados en torno a cero mientras que el índice V , sin embargo, está sesgado en promedio. Los índices I y Co, a pesar de estar centrados, muestran sesgos de hasta el 50%, y los índices X2 y Ti son estimadores muy malos.
  22. En esta gráfica se muestran los resultados del sesgo total, que es la diferencia entre el aislamiento sexual de remuestreo a posteriori y el aislamiento sexual a priori y por tanto le añade a los efectos asintóticos, el efecto del proceso de muestreo de 20 parejas. Se observa como los índices YA y Q, que no mostraban ningún sesgo asintótico, se ven afectados por el proceso de muestreo. Los índices Co y Ti funcionan muy mal bajo los dos modelos y su utilización debería evitarse. El índice I, a pesar de mostrar unas buenas propiedades de remuestreo, sus propiedades son muy dependientes de las frecuencias marginales y las propensiones al apareamiento. Los índices YA, Q, Ipsi y V son los que menores sesgos mantienen en ambos modelos y son los que se pueden considerar los más utiles a tamaños de muestra reducidos.
  23. Esta figura muestra el sesgo total de cada uno de los cuatro mejores índices respecto al nivel de aislamiento a priori. Se observa un patrón en todos los índices que indica que la estimación se encuentra más sesgada a valores intermedios de aislamiento. A pesar de todo, el índice Ipsi es que muestra una mejor conducta con sesgos muy bajos para cualquier nivel de aislamiento
  24. Los resultados anteriores eran válidos para un tamaño muestral de 20 parejas. En esta figura se muestra el sesgo promedio en valor absoluto para los cuatro índices con tamaños de muestra de 20,40,60,80 y 120 parejas. Se observa como el índice Ipsi es el menos sesgado a tamaños de muestra reducidos, mientras que laa mejor alternativa para tamaños de muestra elevados son los índices IPSI, YA y Q, aunque éste último no sigue una relación lineal con el nivel de aislamiento y su interpretación biológica es más complicada..
  25. Se estimó el error de tipo I (la probabilidad de rechazar equivocadamente la hipótesis nula) de la prueba paramétrica t bajo las diferentes varianzas de muestreo disponibles: en rojo se muestran los resultados para muestreos de 20 parejas, mientras que en azul se representan los muestreos de 100 parejas. El error de tipo I fue elevado en todos los casos, tanto para un tamaño de muestra reducido, como para uno relativamente grande. Esto apunta hacia un funcionamiento deficiente de todos los índices paramétricos, ya que un error de tipo I alto puede producir, a menudo, el rechazo erróneo de la hipótesis nula cuando, de hecho, ésta es cierta. Dado que los índices IPSI y V muestran las distribuciones más simétricas, así como las mejores propiedades de muestreo pueden considerarse los más apropiados para la inferencia estadística basada en “bootstrap”. Utilizando esta prueba estadística, se estimó el error de tipo I de dichos índices. Los valores son 0,007 para el IPSI y 0,001 para el V , lo que sugiere que esta aproximación es más apropiada.
  26. Las conclusiones de este capítulo son: El índice IPSI puede considerarse la alternativa menos sesgada para la estimación del aislamiento sexual con tamaños de muestra biológicos. Para este índice es preferible el uso de bootstrap para realizar pruebas de significación. Los estadísticos Q e YA y los relacionados, DI , Wi y Zi , mostraron sesgos importantes con tamaños de muestra reducidos. Sin embargo, estos índices están entre las mejores alternativas si el tamaño de muestra es mayor de 100 parejas. Los índices χ2 , Co y Ti deben evitarse en la estimación del aislamiento sexual, dado que presentan un sesgo muy elevado cuando se estiman con frecuencias desiguales de morfos o con diferentes propensiones al apareamiento.
  27. Ahora estudiaremos la estimación de las contribuciones de cada pareja al apareamiento asociativo utilizando datos de un carácter cuantitativo.
  28. El apareamiento es una característica biológica fundamental de los organismos con reproducción sexual y es por ello que los individuos de muchas especies escogen cuidadosamente a su pareja con el fin de evitar desperdiciar energía y tiempo a causa de apareamientos fallidos por inviabilidad o esterilidad en la descendencia. Este proceso de elección puede llevar consigo la generación de apareamiento asociativo, definido como la tendencia de los machos de una clase determinada a reproducirse preferentemente con hembras de otra. La clase más frecuente de apareamiento asociativo en muchas especies se basa en el tamaño corporal de los individuos, un carácter cuantitativo, teniendo lugar los apareamientos preferentemente entre individuos de tamaños similares. El apareamiento asociativo para el tamaño podría evolucionar como una estrategia para maximizar la tasa de fecundación, y también podría facilitar el origen del aislamiento reproductivo entre morfos o ecotipos, si estos divergen inicialmente en tamaño
  29. La estimación del apareamiento asociativo para un carácter cuantitativo se realiza habitualmente a partir de datos de copulas mediante el coeficiente de correlación de Pearson con lo que obtenemos un valor de correlación para la población en estudio. Conde-Padín y colaboradores describieron una modificación del coeficiente de correlación de Pearson al que llamaron coeficiente de correlación individual ri, que al estimarse para cada pareja permite estudiar las causas del apareamiento asociativo con técnicas de regresión múltiple. El ri se calcula como el producto de los valores estandarizados del carácter en los individuos que se aparean. Por tanto, el promedio de los ri para toda la población es equivalente al coeficiente de correlación de Pearson. La distribución de ri a tamaños de muestra infinitos depende del coeficiente de correlación teórico .
  30. En este trabajo se investigaron las propiedades estadísticas de este nuevo estimador para muestras de diferente tamaño mediante simulaciones por ordenador. Para ello se simuló el muestreo de copulas generando pares de valores X e Y de la siguiente manera: Se obtiene un valor X aleatoriamente a partir de una distribución de partida. Se probaron 3 casos, el caso 1, con una distribución normal de media 0 y desviación típica 1, el caso 2 con una distribución uniforme entre 0 y raiz de 12 y el caso 3, con una distribución chi-cuadrado con 10 grados de libertad. Una vez así obtenido el valor X, se obtiene el valor Y, sumandole al X un valor E aleatorio extraido de una normal con media cero y una desviación típica en función de la correlación deseada entre X e Y. Tras obtener las diferentes parejas de valores, se estandarizan para cada muestra, se calculán los valores del estadístico ri para cada pareja, y se obtiene su distribución para cada muestra.
  31. En esta figura se muestra la distribución del estadístico en función de la correlación para el caso 1, con distribución normal y un tamaño de muestra de 1000 parejas. Se observa como cuando el apareamiento es al azar, el ri se distribuye de manera simétrica aunque no gaussiana, y a medida que aumenta la correlación la distribución del mismo se hace más asimétrica y leptocúrtica, hasta llegar al caso con correlación total ( ρXY = 1), en donde la distribución se aproxima a una distribución chi-cuadrado con un grado de libertad .
  32. Esta tabla muestra los valores promediados para 100 réplicas de los parámetros que definen la distribución de ri. Puede observarse que, a pesar del mayor ruido debido al muestreo, la forma de la distribución en función de la correlación se mantiene razonablemente invariable hasta tamaños muestrales de al menos 20 parejas. El único parámetro que se ve influenciado sustancialmente por el número reducido de parejas es la curtosis. Por tanto, el estadístico ri parece apropiado para su utilización con tamaños biológicos de muestra (al menos 20 parejas), ya que no se ve sesgado por el muestreo y mantiene su distribución como función de la correlación de los valores de las parejas.
  33. Y esta figura muestra la distribución del estadístico ri para tres niveles diferentes de correlación de los valores del carácter en las parejas y tres modelos de distribución de partida. Se comprueba que se mantiene la misma tendencia tendencia bajo los modelos normal, uniforme o chi-cuadrado, y que el estadístico ri podría usarse en condiciones donde no se asuma la normalidad del carácter en la población.
  34. La conclusión de este capítulo nos dice que la distribución del estadístico ri depende del grado de apareamiento asociativo, y no parece verse afectada por el muestreo ni por la distribución del caracter. Los resultados de las simulaciones corroboran interpretaciones previas sobre el polimorfismo de Littorina saxatilis en las costas gallegas. El polimorfismo puede explicarse por un alto flujo génico, un aislamiento reproductivo fuerte pero incompleto y una selección diversificadora de moderada a fuerte, favoreciendo a los ecotipos en su propio hábitat (RB en zona alta y SU en la zona baja). La eficacia biológica de los híbridos no parece ser un factor clave para el mantenimiento del polimorfismo.
  35. En el tercer capítulo examinaremos la CONTRIBUCIÓN RELATIVA DE LAS FUERZAS EVOLUTIVAS RESPONSABLES DEL POLIMORFISMO DE LITTORINA SAXATILIS EN LAS COSTAS GALLEGAS.
  36. Como vimos antes, los dos ecotipos (RB y SU) de la zona híbrida de Littorina saxatilis en Galicia son capaces de entrecruzarse y producir híbridos fértiles (HY) que presentan características intermedias La selección natural parece ser la responsable que cada ecotipo se encuentre adaptado a un nivel del intermareal Por otra parte, los híbridos sobreviven a una tasa similar a la de las formas puras Escaso flujo génico a escala macrogeográfica pero un flujo relativamente elevado a escala local, siendo éste mayor entre ecotipos en la zona media que entre el ecotipo RB de la zona alta y el SU de la zona baja Han desarrollado un aislamiento reproductivo incompleto en la zona media como resultado de la conjunción de la microagregación y un fuerte apareamiento asociativo para el tamaño de la concha El sistema se considera un caso de especiación simpátrica incompleta, y por ello se intentó examinar, mediante simulaciones por ordenador, las diferentes explicaciones posibles de cómo distintas fuerzas evolutivas se han podido combinar para producir el polimorfismo observado.
  37. se simuló una población bidimensional con dos grupos de subpoblaciones cercanos (equivalentes a dos transectos verticales de la costa separados por unos pocos metros) y tres niveles verticales de costa (zona alta, zona media y zona baja) en cada uno de ellos. Cada subpoblación tiene un censo constante de 1000 individuos, con igual numero de machos y hembras y generaciones discretas. En cada generación, cada una de las subpoblaciones intercambiaba Nm individuos con cada una de las subpoblaciones adyacentes, siguiendo un modelo de migración del tipo de pasaderas.
  38. Al empezar la simulación se introducían los parámetros necesarios y se inicializaban las variables generando una nueva población inicial. Entonces se establecían los apareamientos entre machos y hembras escogidos al azar en cada subpoblación. Los gametos se generaban con recombinación libre y se combinaban para producir la descendencia, calculándose sus valores genotípicos y fenotípicos. A continuación se asignaba un ecotipo u otro a cada uno de los descendientes dependiendo de su valor fenotípico, actuando entonces la selección natural. Para ello, los individuos sobrevivían con una probabilidad igual a la eficacia biológica de su ecotipo en el correspondiente nivel del intermareal. Posteriormente, los individuos supervivientes podían migrar entre subpoblaciones adyacentes. El proceso completo se continuaba durante 500 generaciones para alcanzar un equilibrio entre migración, selección y deriva. En esa generación se calculaban las variables de salida. Todo estó se replicó 50 veces.
  39. Se hicieron 9 tipos de simulaciones que diferían en una serie de parámetros que hacen referencia a que los individuos son asignados a distintos ecotipos dependiendo del valor de un carácter cuantitativo continuo subyacente. El primer parámetro fue el numero y efecto en homocigosis de genes bialélicos que determinan el carácter cuantitativo. El número de loci varió entre un modelo con un solo gen responsable del carácter ecotipo y un modelo infinetismal. Sin embargo, el modelo básico considerado más frecuentemente fue el de 4 genes de efecto grande y 26 genes de efecto pequeño. Este último modelo se basa en la suposición de que el ecotipo depende principalmente de unos pocos caracteres (tales como costillas y bandas) controlados por genes de efecto sustancial, y una serie de caracteres (como tamaño, tasa de crecimiento, etc.) controlados por numerosos genes de efecto pequeño. El segundo parámetro fue la varianza ambiental que afectaba al valor genotípico, con casos sin variación, con una variación moderada y un caso con varianza ambiental elevada. El siguiente parámetro son los percentiles de la distribución fenotípica que definen al ecotipo híbrido, en el que una simulación se caracterizó por una definición muy amplia del ecotipo Híbrido, mientras que el resto de simulaciones tenían una definición más restringida del fenotípo Híbrido. El último parámetro es la plasticidad fenotípica, que se añadió en una sola simulación.
  40. Para cada simulación se llevó a cabo una combinación ortogonal de estos cuatro factores: El factor Flujo Génico estuvo comprendido entre un caso de baja migración y otro de migración elevada. El factor Aislamiento Reproductivo comprendió entre la presencia de apareamiento asociativo completo entre los ecotipos RB y SU y apareamiento completamente aleatorio. El factor Selección en las Zonas Puras representa la selección diversificadora de los ecotipos en las subpoblaciones de las zonas alta y baja, y comprendía desde un caso neutro hasta el caso de viabilidad cero para los ecotipos no residentes. El factor Selección en la Zona Híbrida comprendía desde la inviabilidad del híbrido hasta su ventaja adaptativa en las subpoblaciones de la zona media del intermareal.
  41. Las simulaciones generaron las siguientes variables de salida: Frec. RB en zona alta Frec. SU en zona baja Frec. RB en zona media Frec. SU en zona media Frec. HY en zona media Aislamiento reproductivo ( IPSI ) FST (alozimas) dentro de ecotipo FST (alozimas) entre ecotipo Para todas estás variables existen estimas experimentales. Se utilizó un índice, que denominaremos índice de ajuste , para comparar el ajuste de los distintos modelos simulados y las observaciones empíricas. El índice de ajuste calculó como el sumatorio para todas las variables de la diferencia en valor absoluto entre el valor empírico y el valor simulado, relativa al valor empírico. Por tanto, a menor valor del índice obtenido por un modelo, mejor era su ajuste para explicar los datos empíricos.
  42. Esta figura muestra el índice de ajuste en cada una de las nueve simulaciones iniciales promediando los resultados para las 256 combinaciones de factores evolutivos. Se observa que la simulación que peor funcionó a la hora de explicar las observaciones empíricas fue la correspondiente al modelo sim9, que se caracterizaba por una Definición del Híbrido muy amplia dentro del rango fenotípico del carácter ecotipo. Entre el resto de simulaciones no hubo diferencias significativas, aunque en los promedios entraban combinaciones poco realistas de los factores evolutivos estudiados.
  43. Aquí tenemos los valores promedio del índice de ajuste para los cuatro niveles de Flujo Génico en el conjunto de simulaciones. El nivel más bajo de flujo mostró el peor ajuste a las observaciones empíricas, mientras que los restantes niveles mostraon un mejor ajuste. El motivo para el bajo ajuste entre simulaciones y observaciones con bajo flujo génico fue la gran diferencia entre el valor de FST observado entre ecotipos y el obtenido en cada una de las simulaciones.
  44. Respecto al Aislamiento Reproductivo , la tendencia global favorece un valor de Aislamiento Reproductivo de I = 0,67, aunque no fue así en todas las simulaciones.
  45. Para la Selección en las Zonas Puras los resultados apuntan hacia la selección diversificadora, exhibiendo el mejor ajuste cuando el ecotipo residente tuvo una eficacia biológica superior a la de los ecotipos no residentes.
  46. Y para la Selección en la Zona Híbrida las diferencias medias entre niveles fueron generalmente pequeñas y, por lo tanto, esto quizá podría sugerir que este factor tiene un papel poco importante en el mantenimiento del polimorfismo bajo estudio.
  47. Con objeto de estudiar con más profundidad los parámetros genéticos subyacentes, se elaboró un nuevo modelo con los valores de los factores investigados previamente que proporcionaban el mejor ajuste. Estos valores son un flujo génico con 20 migrantes por generación, aislamiento reproductivo con I = 0,67, selección disruptiva extrema y neutralidad en la zona media). El modelo se evaluó para la combinación ortogonal de los nuevos factores que son los parámetros que se utilizaron en las 9 simulaciones anteriores
  48. Se encontraron diferencias significativas en Estructura Genética , siendo el modelo que mejor se ajustaba el que asumía 30 genes con el mismo efecto aditivo, mientras que el modelo más alejado es en el cúal el carácter ecotipo depende un solo locus
  49. La Definición del Híbrido también fue un factor importante, mostrando diferencias muy significativas entre los dos niveles analizados. El mejor ajuste de una definición restringida de los híbridos sugiere que éstos poseen genotipos relativamente homogéneos.
  50. No se encontraron, sin embargo, diferencias claras para los factores Varianza Ambiental y Plasticidad Fenotípica sugiriendo que dichos factores no son determinantes para explicar el presente polimorfismo.
  51. Las conclusiones de este capítulo son: El polimorfismo puede explicarse por un alto flujo génico, un aislamiento reproductivo fuerte pero incompleto y una selección diversificadora de moderada a fuerte La eficacia biológica de los híbridos no parece ser un factor clave para el mantenimiento del polimorfismo. Los escenarios genéticos que permiten un mejor ajuste a los datos observados son aquéllos en los que hay un número considerable de loci contribuyendo al carácter y con una definición restringida del fenotipo híbrido.
  52. Por último, aplicaremos el modelo de simulación desarrollado para investigar las propiedades de estimación del censo efectivo de población.
  53. El conocimiento de la estructura genética de una especie puede resultar de importancia fundamental para comprender su evolución. Uno de los parámetros básicos que determinan la composición genética de una población es su censo efectivo. La magnitud del censo efectivo resume la tasa de deriva genética y el incremento en consanguinidad en una población. El censo efectivo de una población se puede estimar evaluando el cambio temporal de la frecuencia de marcadores neutros asumiendo que dicho cambio se debe en exclusiva a la deriva genética
  54. En un estudio de Fernández y col. (2005), se comparó la estructura y la diversidad genética de los dos ecotipos RB y SU de L. saxatilis, en tres muestras de 1989, 1999 y 2003 analizando 5 loci alozímicos. La diferenciación genética fue significativamente menor en las poblaciones RB que en las SU Se sugirió que este resultado podría ser consecuencia de diferencias en los censos efectivos o en las tasas de migración y, por ello, se estimó el censo efectivo mediante el método temporal a partir de los datos temporales en 1989 y 1999, lo que supone unas 20 generaciones en esta especie. Se usaron 2 loci alozimicos, el Pgi (con 4 alelos) y el Aat-1 (con 3 alelos), con lo que tenían un total de 5 alelos independientes para la estimación. Es por ese bajo número de alelos independientes, así como un posible efecto selectivo descrito para el locus Aat-1, por el que la estimación del censo efectivo podría resultar sesgada.
  55. En un estudio de Fernández y col. (2005), se comparó la estructura y la diversidad genética de los dos ecotipos RB y SU de L. saxatilis, en tres muestras de 1989, 1999 y 2003 analizando 5 loci alozímicos. La diferenciación genética fue significativamente menor en las poblaciones RB que en las SU Se sugirió que este resultado podría ser consecuencia de diferencias en los censos efectivos o en las tasas de migración y, por ello, se estimó el censo efectivo mediante el método temporal a partir de los datos temporales en 1989 y 1999, lo que supone unas 20 generaciones en esta especie. Se usaron 2 loci alozimicos, el Pgi (con 4 alelos) y el Aat-1 (con 3 alelos), con lo que tenían un total de 5 alelos independientes para la estimación. Es por ese bajo número de alelos independientes, así como un posible efecto selectivo descrito para el locus Aat-1, por el que la estimación del censo efectivo podría resultar sesgada.
  56. En este estudio se compararon tres estimadores temporales del censo efectivo: dos estimadores de momentos ( Fc , Nei y Tajima, 1981; Fk , Pollak, 1983) basados en la varianza estandarizada de Wright para cambio en frecuencia génica y el estimador de pseudo-verosimilitud ( MLNE ; Wang, 2001).
  57. Para comprobar esto último se usó el modelo de simulación anteriormente descrito en el que se tomaron muestras de las frecuencias alelicas en las generaciones 480 y 500 para estimar el censo efectivo por los metodos temporales que acabamos de ver. Se realizaron 50 réplicas de cada simulación aunque sólo en 6 se usó el método de pseudo-verisimilitud debido a su alto tiempo de computación. Se simuló la combinación ortogonal de los cuatro factores evolutivos, Flujo génico, Aislamiento reproductivo, Selección en las zonas puras, y selección en la zona híbrida, aunque con sólo 2 niveles en cada uno. En las estimaciones se utilizaron 4 tipos de muestras: con 30 loci neutros, una combinación de 15 neutros y 15 loci selectivos, 30 loci selectivos, o sólo 5 loci neutros. Dado que todos los loci eran bialélicos, el caso de cinco loci neutros tiene los mismos alelos independientes que los datos empíricos.
  58. Esta figura muestra el sesgo promedio de los tres estimadores para todas las combinaciones de factores para 30 loci neutros. En ella se aprecia que los errores son elevados, aunque la media es muy similar para los tres estimadores. Los tres estimadores tienen un comportamiento muy similar bajo las condiciones del modelo (y el estimador MLNE no supone una mejora considerable. Por tanto, y dado el alto tiempo de computación necesario para estimar el censo efectivo con este método, se utilizaron los estimadores de momentos para estudiar el sesgo que pueden producir en dichos estimadores el número y efecto de los loci muestreados.
  59. Esta figura muestra el sesgo promedio de los estimadores de momentos en 50 réplicas para el conjunto de combinaciones de factoresen las que el flujo génico era de sólo dos migrantes intercambiados por cada subpoblación cada cuatro generaciones. En este caso se aprecia un sesgo muy pequeño y generalmente en torno a cero cuando se usan 30 loci, independientemente de si se encuentran bajo efecto de la selección o no. Sin embargo sí que hay una gran diferencia significativa al usar solamente cinco loci. En este caso, la estima del censo efectivo se sesga sistemáticamente a valores en torno a la mitad del valor real en los casos con migración muy escasa. Si comprobamos estos resultados para las combinaciones con alto flujo génico se observa como la presencia del flujo génico elevado sesga, en torno al 25%, las estimas del censo efectivo con 30 loci, llegando el sesgo con 5 loci a valores alrededor del 75%. mientras que, en ningún caso, la presencia de loci seleccionados parece contribuir al sesgo.
  60. Por tanto, y a la vista de las simulaciones, las estimas del censo efectivo usando los datos de Pgi y Aat-1 de 1989 y 1999, podrían ser subestimas de hasta el 50% debido al bajo número de alelos independientes presentes. Es por ello, que Fernández y col. (2005) ampliaron el muestreo en 2003, analizando 4 loci presentes en el estudio de 1989 y ampliando el número de alelos independientes a 10.
  61. La conclusión que se extrae de este capítulo es que e n las poblaciones de L. saxatilis de las costas expuestas de Galicia la estimación del censo efectivo de población se ve sesgada por la presencia de flujo génico y por el uso de un número bajo de alelos marcadores independientes, mientras que no parece que la estimación se vea afectada por la presencia de loci selectivos o por otros factores evolutivos.
  62. Y aquí termina el tiempo dedicado a la exposición