『３Dプリンタで見るタンパク質と分子の【鍵と鍵穴の関係】』＠オンライン版サイエンスアゴラ2020（2020/11/13-22） http://www.ecosci.jp/sccj_sa2020/

1. 本間善夫（日本コンピュータ化学会，ecosci.jp）
サイエンスアゴラ2020，2020/11/13-22
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/ocd-app/
2P132P13
★日本コンピュータ化学会「やっぱり見たい！原子や分子！！」

2. ★動画を見た後は以下で体験を!!
3Dプリンタで見るタンパク質と分子の『鍵と鍵穴の関係』
★本スライドへのリンクも掲載します。
★分子モデル表示はInternet Explorerでのみ可能ですが，画像も多数
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?
http://www.ecosci.jp/ocd-app/
…アプリ版開発：相馬 稔（サイエンスカフェにいがたスタッフ）
★Winmostarクラウドで多数の分子構造を参照できます！
https://winmostar.com/canvas/index0_ch.html

3. http://www.ecosci.jp/
chem5/curry_j.html
◆分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?
水と油（サラダオイル）で2層にした中に色のある
物を入れてどちらに溶けやすいか見てみよう!!
醤油 ラー油
カレー粉

4. https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AF%E3%83%AB%E3%82
%AF%E3%83%9F%E3%83%B3
http://www.ecosci.jp/
chem5/curry_j.html
◆分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?

5. ◆分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?
http://www.ecosci.jp/
chem5/curry_j.html
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AF%E3%83
%AB%E3%82%AF%E3%83%9F%E3%83%B3
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
compound/Curcumin
http://www.ecosci.jp/ocd-app/

6. http://www.ecosci.jp/ocd-app/
有機概念図Excel計算シートのグラフ
スマートフォンでの有機概念図簡易計算ア
プリによるペニシリンGの計算・表示例
http://www.sankyoshuppan.
co.jp/detail.php?id=310
◆分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?

7. “水と油”で見る20種類のアミノ酸
アミノ酸
特性基 R
酸性・塩基性 極性・非極性 等電点
O I I/O
Ile I イソロイシン 80 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.02
Leu L ロイシン 70 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.98
Val V バリン 50 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.96
Ala A アラニン 20 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.00
Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 中性 非極性（疎水性） 5.48
Pro P プロリン 60 10 0.167 中性 非極性（疎水性） 6.30
Met M メチオニン 100 20 0.200 中性 非極性（疎水性） 5.74
Cys C システイン 60 20 0.333 中性 極性（中性） 5.07
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 中性 非極性（疎水性） 5.89
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 中性 極性（中性） 5.66
Lys K リシン 80 70 0.875 塩基性 極性（塩基性） 9.74
Gly G グリシン 0 0 － 中性 非極性（疎水性） 5.97
His H ヒスチジン 80 152 1.900 塩基性 極性（塩基性） 7.59
Arg R アルギニン 80 190 2.375 塩基性 極性（塩基性） 10.76
Thr T トレオニン 40 100 2.500 中性 極性（中性） 6.16
Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 酸性 極性（酸性） 3.22
Gln Q グルタミン 60 200 3.333 中性 極性（中性） 5.65
Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 酸性 極性（酸性） 2.77
Ser S セリン 20 100 5.000 中性 極性（中性） 5.68
Asn N アスパラギン 40 200 5.000 中性 極性（中性） 5.41
◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質を構成するアミノ酸で
も重要!!

8. http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/ocd/
“鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト
https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-
bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル
生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図が
DNA
http://www.ecosci.jp/ocd/
●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/
biophys/55/2/55_104/_pdf
●川上モデル製作：スタジオミダス
http://studio-midas.com/bunshi/

9. http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造
ヘモグロビンを例に
RCSB PDB
http://www.pdb.org/pdb/
http://www.youtube.com/
watch?v=qBRFIMcxZNM

10. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型； ヘモグロビン
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/pdb/
hemoglobin_s.html
PDBj 今月の分子
http://pdbj.org/mom?id=41

11. ◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部
Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム
http://www.pharm.kumamoto-u.ac.jp/museum/exhibition/panel/panel4.html
http://www.sankyoshuppan.co.jp/
detail.php?id=310

12. ◆有機概念図Excel計算シート
http://www.ecosci.jp/sheet/orgs_help.html
有機概念図Excel計算シートのグラフ

13. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型； 医薬 ＆ GPCR
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
Alexander Fleming - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Alexan
der_Fleming
https://www.tokyo-
np.co.jp/article/national/list/201910/
CK2019101202000139.html
http://www.ecosci.jp/ocd-app/
http://www.ecosci.jp/ab/
http://www.ecosci.jp/GPCR/
“元素・分子が登場
する本を読もう！”

14. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/env/POPs_WWF_new20.html
“元素・分子が登場
する本を読もう！”
http://www.ecosci.jp/env/
sh_p450j.html
http://www.ecosci.jp/pdb/
pdbsum_ER.html
PFAS（パーフルオロアルキル化合物）
https://news.yahoo.co.jp/articles/3cb88e6
a5d12760fe72a8023d2a75bb0aa3dba97
ビスフェノールA

15. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 PFAS汚染問題
http://www.ecosci.jp/PFAS/
http://www.ecosci.jp/env/POPs_WWF_new20.html
https://www.jst.go.jp/sis/scienceagor
a/2020/planning/planning_y-02.html

16. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型（模型無し；最近の話題から）
新型コロナウイルス治療薬候補，C型肝炎ウイルス（2020年ノーベル生理学医学賞） ，“ノビ
チョク”
https://www.asahi.com/articles/
ASN9X3DZBN9RUHBI017.html
ノビチョク剤例A-230およびA-234が結合した
アセチルコリンエステラーゼの“鍵と鍵穴”比較
http://www.ecosci.jp/chem13/topics20c
.html#02
http://www.ecosci.jp/COVID-19/
https://www.nobelprize.org/prizes/
medicine/2020/summary/
結合型テラプレビル（telaprevir）が結
合したC型肝炎ウイルス（HCV）および
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の
“鍵と鍵穴”
http://www.ecosci.jp/chem13/topic
s20d.html#01

17. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型（模型無し；最近の話題から）
ゲノム編集（2020年ノーベル化学賞）
CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》
http://www.ecosci.jp/CRISPR/
https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2020/summary/
https://www.nikkei.com/article/DG
XMZO64731780X01C20A0000000/

18. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型； 生命誕生，光合成 …“星屑”
から
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/scibook/
“元素・分子が登場
する本を読もう！”

19. ◆生体分子の美しさと「鍵と鍵穴」のルール よろしければお読みく
ださい！
「化学と工業」2012年2月号掲載
http://www.ecosci.jp/report2012/kakou1202.pdf
※他の公開PDF例：雑誌特集『日本海の生物と環境』総論，「生物の科学 遺伝」2018年1号
掲載
http://www.ecosci.jp/iden201801/iden2018_01honma.pdf

20. 日本コンピュータ化学会＠オンライン版サイエンスアゴラ2020動画公開！
（2020/11/13-22）
3Dプリンタで見るタンパク質と分子の『鍵と鍵穴の関係』
★本スライドへのリンクも掲載します。
★分子モデル表示はInternet Explorerでのみ可能
ですが，画像も多数
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
分子は形が大事!! ；水に溶ける? 溶けない?
http://www.ecosci.jp/ocd-app/
『やっぱり見たい！原子や分子！！』 - YouTube
https://www.youtube.com/watch?v=xJRBnf-lDJQ
動画内容についての感想・質問書き込みページ
https://sites.google.com/view/sccj2020
★動画は5編あり，最後が本スライドについてのものです。その内容については以下もご参照くださ
い（再掲）。