Linked Open Dataとは

Linked Open Dataとは
LODI 加藤文彦
バイオインフォマティクス・ハンズオンセミナー
2013-02-22

1

Raw Data
Now!

ティム・バーナーズ＝リーが示す次のウェブ

http://www.ted.com/talks/tim_berners_lee_on_the_next_web.html

オープンデータとマッシュアップで変わる世界

http://www.ted.com/talks/tim_berners_lee_the_year_open_data_went_worldwide.html

3

書誌

作品

作品

6

人物
友人

在住

7

名前の由来
観光地

観光地

舞台

観光

8

人物書誌
友人

作品在住名前の由来
作品観光地

観光地

舞台

観光

9

Open Data
+
Linked Data

10

“A piece of data or content is open if anyone is free
to use, reuse, and redistribute it — subject only,
at most, to the requirement to attribute and/or
share-alike.”

The Open Deﬁnition - http://opendeﬁnition.org/

13

Open (Data) License

14

http://data.gov.uk

19

http://www.city.sabae.fukui.jp/pageview.html?id=11552

21

http://datameti.go.jp

22

http://opendataday.org/

24

https://opendataday.crowdmap.com/main

25

http://odhd13.okfn.jp/

26

http://spending.jp

27

Web技術でデータを
公開・共有するための方法論

30

Webの原則
1. IRIをHTML文書の識別
子として使う

2. IRIにはhttpスキームを
使う

3. IRIを見るとHTML文書
が返ってくる

4. HTML文書には他のIRI
へのリンクがある

32

Linked Dataの原則
1. IRIをモノ(Thing)の識
別子として使う
執筆

2. IRIにはhttpスキームを子供
発行日
使う
誕生日
出版社

3. IRIを見るとモノの構造
所在地
化データが返ってくる

4. データには他のIRIへの
"Things,
not
Strings"
型付リンクがある

by
Google

33

Reuse ID

Discovery Integration

34

構造化データ
Reuse

35

HTTP + 型付リンク
Discovery

37

IRI + 型付リンク
Integration

38

RDF

Reuse ID

Discovery Integration

全てを含んだグラフデータモデル
39

執筆

子供
発行日

誕生日
出版社

所在地

40

執筆

子供
発行日

誕生日
出版社

所在地

41

シリアライズ形式
• Turtle (N3)

• JSON-LD

• RDFa

• Microdata

• RDF/XML

• TriX

• TriG

• ......

42

Linked Open Data

1. オープンライセンス

2. 構造化データ

3. オープンな形式

4. IRIによる識別 / W3C標準

5. 他データへのリンク

43

Linked
Data Open
Data
(データのWeb) (オープンライセンス)

RDF
(グラフデータモデル)

44

Linked
LOV User Slideshare tags2con
Audio
Feedback 2RDF delicious
Moseley Scrobbler Bricklink Sussex
Folk (DBTune) Reading St.
GTAA
Magna- Lists Andrews
Klapp-
tune stuhl- Resource NTU
DB club Lists Resource
Tropes Lotico Semantic yovisto
John Music Man- Lists
Music Tweet chester
Hellenic Peel Brainz NDL
(DBTune) (Data Brainz Reading
subjects
FBD (zitgist) Lists Open
EUTC Incubator) Linked
Hellenic Library Open t4gm
Produc- Crunch-
PD Surge RDF info
tions
Discogs base Library
Radio Ontos Source Code
Crime ohloh Plymouth (Talis)
(Data News LEM
Ecosystem Reading RAMEAU
Reports business Incubator)
Crime data.gov. Portal Linked Data Lists SH
UK Music Jamendo
(En- uk
Brainz (DBtune) LinkedL
Ox AKTing) FanHubz gnoss ntnusc
(DBTune) SSW CCN
Points Thesau-
Last.FM Poké- Thesaur
Popula- artists pédia Didactal us rus W LIBRIS
tion (En- (DBTune) Last.FM ia theses. LCSH Rådata
reegle research patents MARC
AKTing) (rdfize) my fr nå!
data.gov. data.go Codes
Ren.
NHS uk v.uk Good- Experi-
Classical List
Energy (En- win flickr ment
(DB Pokedex Norwe-
Genera- AKTing) Mortality BBC Family wrappr Sudoc PSH
Tune) gian
(En-
tors Program MeSH
AKTing) semantic
mes BBC IdRef GND
CO2 educatio OpenEI web.org SW
Energy Sudoc ndlna
Emission n.data.g Music Dog VIAF
EEA (En- Chronic- Linked
(En- ov.uk Portu- Food UB
AKTing) ling Event MDB
AKTing) guese Mann- Europeana
BBC America Media
DBpedia Calames heim
Ord- Recht- Wildlife Deutsche
Open Revyu DDC
Openly spraak. Finder Bio- lobid
Election nance
legislation Local nl RDF graphie
Resources NSZL Swedish
Data Survey Tele- data Ulm
EU New Book
Project data.gov.uk graphis bnf.fr Catalog Open
Insti- York
URI Open Mashup Cultural
tutions Times Greek P20
UK Post- Burner Calais Heritage
codes DBpedia ECS Wiki
statistics lobid
GovWILD data.gov. Taxon iServe South- Organi-
LOIUS BNB
Brazilian
uk Concept ECS ampton sations
Geo World OS BibBase STW GESIS
Poli- ESD South- ECS
Names Fact- (RKB
ticians stan- reference ampton
data.gov.uk book Freebase Explorer) Budapest
dards data.gov. NASA EPrints
uk intervals Project OAI
Lichfield transport (Data DBpedia data
Guten- Pisa
Spen- data.gov. Incu- dcs RESEX Scholaro-
ISTAT ding bator) Fishes berg DBLP DBLP
uk Geo
meter
Immi- Scotland of Texas (FU (L3S)
Pupils & Uberblic DBLP
gration Species Berlin) IRIT
Exams Euro- dbpedia data- (RKB
London TCM ACM
stat lite open- Explorer) NVD
Gazette (FUB) Gene IBM
Traffic Geo ac-uk
Scotland TWC LOGD Eurostat Daily DIT
Linked UN/
Data UMBEL Med ERA
Data LOCODE DEPLOY
Gov.ie CORDIS YAGO New-
lingvoj Disea-
(RKB some SIDER RAE2001 castle LOCAH
CORDIS Explorer) Linked Eurécom
Eurostat Drug CiteSeer Roma
(FUB) Sensor Data
GovTrack (Ontology (Kno.e.sis) Open Bank Pfam Course-
Central) riese Enipedia
Cyc Lexvo LinkedCT ware
Linked PDB
UniProt VIVO
EURES EDGAR dotAC
US SEC Indiana ePrints IEEE
(Ontology totl.net
(rdfabout)
Central) WordNet RISKS
(VUA) Taxono UniProt
US Census EUNIS Twarql HGNC
Semantic Cornetto (Bio2RDF)
(rdfabout) my VIVO
FTS XBRL PRO- ProDom STITCH Cornell LAAS
SITE KISTI NSF
Scotland
Geo- GeoWord LODE
graphy Net WordNet WordNet JISC
(W3C) (RKB
Climbing
Linked Affy- KEGG
SMC Explorer) SISVU Pub VIVO UF
Piedmont GeoData metrix Drug
ECCO-
Finnish Journals PubMed Gene SGD Chem
Munici-
Accomo- El AGROV Ontology TCP Media
dations Alpine bible
palities Viajero OC
Ski ontology
Tourism KEGG
Ocean
Austria
Enzyme PBAC Geographic
Metoffice GEMET ChEMBL
Italian Drilling OMIM KEGG
Weather Open
public Codices AEMET Linked MGI Pathway
schools Forecasts
Data
Open InterPro GeneID Publications
EARTh Thesau- KEGG
Turismo
rus Colors Reaction
de
Zaragoza Product Smart KEGG
User-generated content
Weather DB Link Medi Glycan
Janus Stations Product Care KEGG
AMP UniParc UniRef UniSTS Government
Types Italian
Homolo Com-
Yahoo! Airports Museums pound
Ontology Google
Gene
Geo Art
Planet National
wrapper
Chem2 Cross-domain
Radio- Bio2RDF
activity UniPath
JP Sears Open Linked OGOLOD way
Life sciences
Corpo- Amster- Reactome
dam medu- Open
rates Numbers
Museum cator
As of September 2011

Linking Open Data cloud diagram, by Richard Cyganiak and Anja Jentzsch. http://lod-cloud.net/

45

http://dbpedia.org

46

http://wiki.dbpedia.org/Internationalization/Chapters

47

http://ja.dbpedia.org

48

http://ja.dbpedia.org/resource/沖縄科学技術大学院大学

49

DBpediaのIRI設計

"東京都"についてのウェブページIRI

HTML表現 http://ja.dbpedia.org/page/東京都

"東京都"のIRI

http://ja.dbpedia.org/resource/東京都

http://ja.dbpedia.org/data/東京都
データ表現

"東京都"についてのデータIRI

cf. http://www.w3.org/TR/cooluris/

50



"東京都"のIRI


データ表現


% curl -IH 'Accept: text/html' http://ja.dbpedia.org/resource/東京都
TTP/1.1 303 See Other
Server:Virtuoso/06.01.3127 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnu
Connection: close
Content-Type: text/html; charset=UTF-8
Date: Fri, 25 Jan 2013 03:43:38 GMT
Accept-Ranges: bytes
Link: <http://mementoarchive.lanl.gov/dbpedia/timegate/http://ja.dbpedia.org/resource/東京都>; rel="timegate"
Location: http://ja.dbpedia.org/page/東京都
Content-Length: 0

51



"東京都"のIRI


データ表現


% curl -IH 'Accept: text/n3' http://ja.dbpedia.org/resource/東京都
HTTP/1.1 303 See Other
Server:Virtuoso/06.01.3127 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnu
Connection: close
Date: Fri, 25 Jan 2013 03:44:13 GMT
Accept-Ranges: bytes
TCN: choice
Vary: negotiate,accept
Content-Location: /data/東京都.n3
Content-Type: text/n3; qs=0.8
Link: <http://mementoarchive.lanl.gov/dbpedia/timegate/http://ja.dbpedia.org/resource/東京都>; rel="timegate"
Location: http://ja.dbpedia.org/data/東京都.n3
Content-Length: 0

52

クエリ言語

• データの検索や操作を行うための言語

• データモデルやDBシステムに合わせて設計

• 例: SQL

– データモデル: 関係モデル

– DBシステム: RDBMS

• LODのデータモデル: グラフモデル
53

グラフのクエリ
• グラフの最小単位: 3つ組 (トリプル)
dbpedia-‐owl:country
dbp:東京都 dbp:⽇日本

• グラフパターン
1. 完全一致

• dbp:東京都 dbp-owl:country dbp:日本 .

2. 変数によるパターンマッチ

• dbp:東京都 dbp-owl:country ?country .

3. 1と2の組み合わせ

54

好き嫌いグラフ

:Amy :like :like
:Bob :Cathy

:dislike
:like
:Dan :dislike :Flo
:dislike :Ed
:dislike :dislike
:Gil
:like :Ian
:like

:Jim :Hal :like

:dislike :Kate :dislike :May
:like :Lee
:dislike

55

Amyが好きな人
グラフパターン
:Amy
:like
?person
.

:Amy :like :like
:Bob :Cathy

:dislike
:like
:Dan :dislike :Flo
:dislike :Ed
:dislike :dislike
:Gil
:like :Ian
:like

:Jim :Hal :like

:like :Lee
:dislike

56

Amyが好きな人が好きな人
グラフパターン
:Amy
:like
?person1
.
?person1
:like
?person2
.
:Amy :like :like
:Bob :Cathy

:dislike
:like
:Dan :dislike :Flo
:dislike :Ed
:dislike :dislike
:Gil
:like :Ian
:like

:Jim :Hal :like

:like :Lee
:dislike

57

SPARQL
• LOD用クエリ言語
– データモデル: RDF (ラベル付き有向グラフ)

– プロトコル: HTTP

• W3C仕様

– 1.0: Recommendations

– 1.1: Working Drafts

58

SPARQLエンドポイント
• SPARQLクエリを受け付ける場所
– SPARQLエンドポイントURI

• プログラムからSPARQLを使うときに指定

– 入力フォームがある場合もあり

59

DBpedia Japanese
SPARQLエンドポイント

60

DBpedia Japaneseのグラフ例

サイボーグ009 dbp-owl:Comics

rdfs:label rdf:type
dbp-owl:AdministrativeRegion

rdf:type dbp:サイボーグ009
dbp-owl:
ComicsCreator
rdfs:label dbp:宮城県 dbp-owl:notableWork rdf:type
dbp-owl:birthPlace
dbp:石ノ森章太郎 foaf:Person
宮城県 rdf:type
dbp-owl:leaderName

dbp-prop:生年 rdfs:label dbp-owl:award
dbp:村井嘉浩
1938
石ノ森章太郎 dbp:手塚治虫文化賞

61

クエリ:
手塚治虫文化賞を受賞した漫画家の代表的な漫画
PREFIX
dbp:
<hPp://ja.dbpedia.org/resource/>
PREFIX
dbp-‐owl:
<hPp://dbpedia.org/ontology/>

SELECT
?creatorName
?comicName
WHERE
{

?creator
a
dbp-‐owl:ComicsCreator
;
dbp-‐owl:award
dbp:手塚治虫文化賞
;

dbp-‐owl:notableWork
?comic
;
rdfs:label
?creatorName
.

?comic
a
dbp-‐owl:Comics
;
rdfs:label
?comicName
.
}

サイボーグ009 dbp-owl:Comics

rdfs:label rdf:type
dbp-owl:AdministrativeRegion

rdf:type dbp:サイボーグ009
dbp-owl:
ComicsCreator
rdfs:label dbp:宮城県 dbp-owl:notableWork rdf:type
dbp-owl:birthPlace

dbp:石ノ森章太郎 foaf:Person
宮城県 rdf:type
dbp-owl:leaderName

dbp-prop:生年 rdfs:label dbp-owl:award
dbp:村井嘉浩
1938
石ノ森章太郎 dbp:手塚治虫文化賞

62

http://lod.ac/apps/yas

64

URI Greek Open P20 Cultural
es
Burner DBpedia Calais Heritage
ECS Wiki lobid
iServe South- Organi-
BNB ampton
World BibBase ECS sations STW GESIS
OS South- ECS
act- (RKB
ampton
ook Freebase Explorer) Budapest
EPrints
Project OAI
DBpedia data Pisa
Guten- dcs RESEX Scholaro-
berg DBLP DBLP meter
(FU (L3S)
Uberblic DBLP
Berlin) IRIT
dbpedia data- (RKB
TCM ACM
lite open- Explorer) NVD
Gene IBM
DIT
ac-uk
Daily UN/
Med ERA
LOCODE DEPLOY
lingvoj Disea- New-
some SIDER RAE2001 castle LOCAH
Eurécom
Drug CiteSeer Roma
Bank Pfam Course-
Enipedia LinkedCT ware
xvo
UniProt PDB VIVO
Indiana ePrints dotAC
IEEE
totl.net
RISKS
Taxono UniProt
(Bio2RDF)
HGNC
to my VIVO
PRO- ProDom STITCH Cornell LAAS
SITE KISTI NSF
LODE
Net JISC
B Affy- KEGG
er) SISVU Pub VIVO UF
metrix Drug
ECCO-
PubMed Gene SGD Chem
AGROV Ontology TCP Media
bible
OC ontology
KEGG
Enzyme PBAC Geographic
ChEMBL
Open OMIM KEGG
Linked MGI Pathway
Data
Open InterPro GeneID Publications
Thesau- KEGG
rus Colors Reaction
Smart KEGG
User-generated content
Link Medi Glycan
Product UniParc UniRef
Care KEGG
Types Italian UniSTS Com- Government
Museums
Homolo
Ontology Google pound
Gene
Art
wrapper
Chem2 Cross-domain
Bio2RDF
UniPath
Open Linked OGOLOD way
Life sciences
Corpo- Amster- Reactome
dam medu- Open
rates Numbers
Museum cator
As of September 2011

Linking Open Data cloud diagram, by Richard Cyganiak and Anja Jentzsch. http://lod-cloud.net/

68

http://www.uniprot.org/

69

http://dev.isb-sib.ch/projects/uniprot-rdf/

70

http://beta.sparql.uniprot.org/

71

http://linkedlifedata.com/

73

データの作成・共有・
再利用をして新しい
世界をつくりましょう

76

http://lod.sfc.keio.ac.jp/challenge2012/

77

Twitter: @fumi1
Email: fumi@fumi.me

78

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