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3 R – Décembre 2015
VARUME, un observatoire de la
variabilité génétique
C. Danchin-Burge
Institut de l’Elevage
coralie.dan...
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Projet CASDAR: VARiabilité génétique
des RUMinants et des Equidés
Création d’un observatoire de la vari...
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Indicateurs de variabilité génétique
calculés à partir des généalogies
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Ce que permettent de décrire les
généalogies…
• La transmission des gènes de génération en génération :...
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“Contrôle qualité” vérifié à partir de l’analyse de la
profondeur des généalogies
Une race connue sur 1...
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Les races étudiées
9 Bovins Lait
7 petits ruminants laitiers
22 petits ruminants viande
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Indicateurs utilisés pour l’analyse
de la variabilité génétique
• Goulets d’étranglement: d’où provienn...
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Ancêtres efficaces par filière
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Enseignements majeurs
Les indicateurs de variabilité génétique sont le
reflet de plusieurs facteurs :
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Application: définition d’une « race
menacée d’abandon par l’agriculture »
Avec l’aide d’E. Verrier, Ag...
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La MAE « Protection des races
Menacées »
Une aide financière européenne directe aux éleveurs
des races ...
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Une approche multicritère
1. Nombre de femelles reproductrices
2. Evolution démographique récente
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La taille efficace (Ne)
Deux situations
• Races avec suffisamment d’information généalogique
=> Ne « Ce...
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C’est à vous d’interpréter
vos indicateurs !
Pour vous aider:
Un guide et un document annoté disponible...
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Et vous, comment allez-vous
utiliser ces indicateurs pour
gérer vos races ?
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données de VARUME par les
gestionnaires de races
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1. Varume, un observatoire de la variabilité génétique - Inventaire des situations en ruminants

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Diversité Génétique, des repères pour agir - Satellite 3R - Coralie Danchin-Burge

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1. Varume, un observatoire de la variabilité génétique - Inventaire des situations en ruminants

  1. 1. 3 R – Décembre 2015 VARUME, un observatoire de la variabilité génétique C. Danchin-Burge Institut de l’Elevage coralie.danchin@idele.fr 1 Inventaire des situations en ruminants
  2. 2. 3 R– Décembre 2015 Projet CASDAR: VARiabilité génétique des RUMinants et des Equidés Création d’un observatoire de la variabilité génétique basé sur les généalogies • Opérationnel en juin 2015 pour les ruminants • Des indicateurs:  consultables librement sur idele.fr (données agglomérées par race) – Onglet Domaines Techniques/Améliorer le troupeau /Ressources Génétiques  mise à jour annuelle  valorisation de bases de données déjà existantes et maintenues pour d’autres usages
  3. 3. 3 R– Décembre 2015 Indicateurs de variabilité génétique calculés à partir des généalogies
  4. 4. 3 R– Décembre 2015 Ce que permettent de décrire les généalogies… • La transmission des gènes de génération en génération : Importance relative des différents ancêtres => repérage des « goulets d’étranglement » • L’utilisation qui est faite des reproducteurs : => Calcul des tailles de descendance • Les liens génétiques entre animaux : parenté Un animal est consanguin si ses 2 parents sont apparentés entre eux
  5. 5. 3 R– Décembre 2015 “Contrôle qualité” vérifié à partir de l’analyse de la profondeur des généalogies Une race connue sur 10 générations aura des indicateurs plus fiables qu’une race connue sur 2 générations => La comparaison entre races ne peut se faire que si elles ont la même profondeur de généalogies Quelle est la fiabilité des indicateurs ?
  6. 6. 3 R– Décembre 2015 Les races étudiées 9 Bovins Lait 7 petits ruminants laitiers 22 petits ruminants viande 9 Bovins Viande 17 races à petits effectifs (> 1 000 et < 5 000 femelles analysées) 20 races à très petits effectifs (< 1 000 femelles analysées)
  7. 7. 3 R– Décembre 2015 Indicateurs utilisés pour l’analyse de la variabilité génétique • Goulets d’étranglement: d’où proviennent les allèles portés par un individu ? => Indicateur Ae : nombre d’ancêtres efficaces • Consanguinité: les allèles portés par un individu sont-ils identiques (= homozygotes) ? => Indicateur Ne: taille efficace de la population • Qualité des généalogies Pour cette étude, en moyenne la qualité de généalogies est supérieure à 5 générations: bonne qualité des indicateurs
  8. 8. 3 R– Décembre 2015 Ancêtres efficaces par filière (= goulet d’étranglement) 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 Races TPE Bovins lait Petits ruminants lait Races PE Petits ruminants viande Bovins allaitant Moyenne Min Max
  9. 9. 3 R– Décembre 2015 0 100 200 300 400 500 600 700 800 Races TPE Bovins Lait Races PE Petits ruminants Lait Petits ruminants Viande Bovins allaitant Moyenne Min Max 9 Taille efficace par filière (= accroissement consanguinité)
  10. 10. 3 R– Décembre 2015 Enseignements majeurs Les indicateurs de variabilité génétique sont le reflet de plusieurs facteurs :  Organisation programme sélection  Pouvoir diffusion IA  Taille population  Gestion génétique
  11. 11. 3 R– Décembre 2015 Application: définition d’une « race menacée d’abandon par l’agriculture » Avec l’aide d’E. Verrier, AgroParisTech
  12. 12. 3 R– Décembre 2015 La MAE « Protection des races Menacées » Une aide financière européenne directe aux éleveurs des races animales locales « menacées d’abandon pour l’agriculture » L’effectif ainsi que l’état de danger dans lequel se trouve la race concernée doivent être «certifiés par un organisme scientifique reconnu» 12
  13. 13. 3 R– Décembre 2015 Une approche multicritère 1. Nombre de femelles reproductrices 2. Evolution démographique récente 3. Proportion de femelles ne se reproduisant pas en race pure 4. Taille efficace de la population (Ne) 5. Organisation des éleveurs, gestion génétique, appui technique 6. Contexte social et économique 13
  14. 14. 3 R– Décembre 2015 La taille efficace (Ne) Deux situations • Races avec suffisamment d’information généalogique => Ne « Cervantes » • Races avec uniquement de l’information démographique => Ne « FAO », moins précis Notion de 10eme de vie : D1/10 = nombre de générations nécessaires pour perdre 1/10 de la variabilité génétique Note de 5 (risque maximal) à 0 14 Ne45 95 145 195 245 5 4 3 2 1 0
  15. 15. 3 R– Décembre 2015 C’est à vous d’interpréter vos indicateurs ! Pour vous aider: Un guide et un document annoté disponible sur le site Une formation annuelle (17/11/2016) 15
  16. 16. 3 R– Décembre 2015 Et vous, comment allez-vous utiliser ces indicateurs pour gérer vos races ? 16
  17. 17. 3 R– Décembre 2015 Application: quelle utilisation des données de VARUME par les gestionnaires de races Intervention de P. Martin, CAPGENES

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