Diversité Génétique, des repères pour agir - Satellite 3R - Pierre Martin (Capgènes)

1. Satellite diversité génétique :
des repères pour agir
Utiliser les indicateurs pour agir :
exemple des caprins
Pierre Martin, CAPGENES
pierre.martin@capgenes.com

2. Organisme et Entreprise de sélection pour l’espèce
caprine
Missions :
• Coordination des programmes de sélection
• Production de semences
• Promotion des races
• Etude dans le domaine de la reproduction et de la
génétique
• Orientation des 14 races reconnues par le ministère de
l’agriculture en étroite relation avec l’institut de l’élevage
et les associations de races

3. Races caprines reconnues
Races laitières
Chèvre Saanen
Photo: Capgènes
Chèvre Poitevine
Photo: Collection du Parc interrégional du Marais
Poitevin
Chèvre des Fossés
Photo: CRAPAL
Chèvre du Massif Central
Photo: Institut de l'élevage
Chèvre Alpine
Photo: Capgènes
Chèvre Provençale
Photo: Institut de l'élevage

4. Races caprines reconnues
Races laitières
DERNIERE RECONNUE FIN 2012 : la chèvre de lorraine

5. Races caprines reconnues
Races mixtes
Race à production de fibre
Chèvre Angora
Photo: Anne-Marie CHARLES
Chèvre Corse
Photo : CAPRA SCELTA
Chèvre du Rove
Photo: ADCR Chèvre des Pyrénées
Photo : T. ABEN

6. Races caprines reconnues
Races à production de viande
Chèvre Créole
Photo: INRA La chèvre Boer La chèvre Péi

7. Quelle utilisation des données de VARUME en
caprin ?
• Dans les schémas de sélection avec
insémination animale : Alpine et Saanen
• Dans les schémas de sélection sans
insémination animale : Angora
• Dans les programmes de conservation
• Au niveau racial

8. Dans les schémas de sélection avec insémination
animale : Alpine et Saanen (1)
Prise en compte depuis plus de 15 ans de la nécessité de
gérer la variabilité génétique par la gestion en amont des
origines des boucs d’IA:
• de 2000 à 2006 par la méthode des familles de père
• Chaque bouc utilisé dans le schéma est réparti selon un fondateur
différent en analysant uniquement la voie mâle
• Les boucs sont donc regroupés en famille : 12 en saanen et 14 en
alpin
• Objectif : maintenir les différentes familles
• Contraintes
• Compromis entre progrès génétique et gestion de la variabilité
génétique difficile
• Pas de prise en compte de la voie femelle
• Gestion amont uniquement

9. Dans les schémas de sélection avec insémination
animale : Alpine et Saanen (2)
• De 2006 à aujourd’hui par la gestion de la
sélection à parenté minimum (SPM)
• Tous les ans et pour chaque race, définition du progrès
génétique souhaité et minimisation de la parenté des
accouplements
• Contraintes
• Gestion amont uniquement
• Pas de mesure de son efficacité

10. Intérêt de VARUME (1)
Mesurer l’impact du schéma et anticiper les
problèmes
• Indicateurs sur la structure de la population :
Qualité des généalogies et évolution du pourcentage
d’ancêtres connus par génération : nombre moyen de
générations remontées (8.7 en saanen et 9.4 en alpine)
Objectif : améliorer la connaissance généalogique car 50%
des femelles du contrôle laitier n’ont pas de pères connus

11. Intérêt de VARUME (2)
Notion de fondateurs et ancêtres :
• Pour connaître la provenance des gènes par la notion
d’ancêtre majeur (36 ancêtres efficaces en saanen et 38
en alpins)
• Pour mesurer la présence de goulets d’étranglements
par le ratio ancêtre/fondateur : exemple avec J199
(millésime 1994) en SAANEN 9.2% de contribution brute
et P306 (millésime 1979) en ALPIN avec 11%
Objectif : mieux connaître la population en présence et repérer les
futurs goulets d’étranglements

12. Intérêt de VARUME (3)
Evolution de la consanguinité
• niveau moyen actuel et le rythme d’augmentation
sur 10 ans :
• 3.2 % en saanen avec une augmentation de 0.6
en 3 générations
• 2.7% en alpin avec une augmentation de 0.4 en
3 générations

13. Intérêt de VARUME (4)
Perspectives :
• Intégrer les génotypages de la voie mâle (tous les
mâles mis en testage sont génotypés)
• Prévoir les futurs goulets d’étranglements en se
focalisant sur les « jeunes mâles »

14. Dans les schémas de sélection sans insémination
animale : Angora
• Petite population de 5 000 femelles dont 1 500
dans le schéma de sélection
• Taille des élevages modestes ( de 5 à 100 chèvres)
• Sélection efficace autour d’un objectif de sélection
unique avec l’utilisation d’un index de synthèse
• Diffusion du progrès génétique par la vente de
mâles
• Conscience qu’il faut gérer la variabilité génétique
mais sans forte contrainte collective

15. Intérêt de VARUME
• Avoir des références mises à jour régulièrement
• Réalisation depuis 2011 par IDELE d’indicateurs de
variabilité pour chaque troupeau
• Parenté entre les mâles de l’élevage et les femelles
• Parenté moyenne entre les mâles de l’élevage et le
troupeau
• Parenté entre les mâles de la race et le troupeau
(disponible pour le technicien Capgènes)
Objectifs :
Permettre de mieux renouveler les mâles en prenant en compte
les origines
Permettre de « doper » des mâles présentant des origines
intéressantes

16. Dans les programmes de conservation
Intérêt de Varume
•Mieux connaître sa population (taille, démogaphie,
qualité des généalogies)
• Améliorer le choix des reproducteurs (connaissance
des goulets d’étranglements, consanguinité proche)
• Présenter l’intérêt d’enregistrer des filiations pour
mieux gérer la variabilité génétique
• Permet de présenter des situations variées et des
exemples d’amélioration du maintien de la variabilité
génétique de la population