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6 webinaire umt-omacap 2020 -trayons surnumeraires

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études sur la présence de trayons surnuméraires en espèces caprines, perspectives de sélection.

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6 webinaire umt-omacap 2020 -trayons surnumeraires

  1. 1. En route pour un observatoire national des anomalies génétiques Illustration avec l’étude des trayons surnuméraires Virginie Clément, idele Isabelle Palhière, INRAE Journée OMACAP – UMT SPR, 15 octobre 2020
  2. 2. Volet 2 : Etude des trayons surnuméraires Stage d’Amaury Duflos (UniLaSalle, 2019)
  3. 3. Qu’est-ce qu’un trayon surnuméraire ?  Polythélie : présence d’un ou plusieurs trayons supplémentaires, reliés par un canal auxiliaire à la citerne principale ou à une citerne surnuméraire  2 types : liés à un développement différent pendant la vie embryonnaire  Trayons non fonctionnels  Trayons fonctionnels : éjection du lait Existe dans les deux sexes, chez tous les mammifères, avec des fréquences variables
  4. 4. Fréquence dans la population caprine française 0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5 4 Alpines Saanen Alpins Saanen Pourcentage Tr. Surnuméraires (Fonct. + N fonct.) Non fonctionnels Fonctionnels Femelles Mâles Population : animaux pointés par Capgènes de 1995 à 2019 (n=618 782) => Probablement sous-estimé
  5. 5. Problématique  Aspect sanitaire : réservoir de germes et risque d’infection  Aspect bien-être animal : ablation par certains éleveurs  Aspect économique : difficulté de traite, réforme des chèvres  Aspect génétique : perte de charge au niveau du schéma de sélection et réduction du progrès génétique Pourcentage de jeunes boucs éliminés Alpins 8,5% Saanen 4,7% Martin, 2016
  6. 6. Evolution au cours du temps => Diminution des fréquences au cours du temps 0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5 4 4.5 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 2009 2011 2013 2015 2017 Pourcentage Millésimes des chèvres Evolutions des fréquences par millésimes Fonct+Non Fonct Tr Non Fonct Tr Fonct
  7. 7. Analyses descriptives 99% des boucs (avec au moins 100 filles) ont des filles porteuses de trayons surnuméraires dans leur descendance 78% des élevages sont concernés avec un pourcentage de chèvres porteuses parfois élevé 0 100 200 300 400 500 0,008 0,023 0,038 0,053 0,068 0,083 0,098 0,113 0,128 0,143 0,158 0,173 0,188 0,203 0,218 0,233 Fréquence / élevage de chèvres avec trayon(s) surnuméraire(s) Nombredecheptels
  8. 8. Etude du déterminisme génétique Détection de QTL (Martin, 2016) : pas de gène à effet majeur sur Fonct + Non Fonct Déterminisme de type polygénique Héritabilités faibles : Corrélation génétique Tr Fonct/Tr Non Fonct = 0,29 Pas de lien génétique avec les autres postes de morphologie mammaire Tr. Non Fonct. Tr Fonct. Tr F + Tr NF Alpine 0,07 0,05 0,08 Saanen 0,05 0,06 0,08 => Permet d’envisager la mise en place d’une évaluation génétique
  9. 9. Performance : présence/absence d’un ou plusieurs trayons surnuméraires chez les chèvres 3 caractères : fonctionnels / non fonctionnels / fonctionnels + non fonctionnels Génotypes des boucs d’IA Utilisation d’un modèle linéaire Mise en place d’une évaluation génomique
  10. 10. Mise en place d’une évaluation génomique Evolution du pourcentage de filles porteuses de trayons fonctionnels par classe d’index des pères Pères avec au minimum 100 filles 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 <-0,075 [-0,075;-0,05[ [-0,05;-0,025[ [-0,025;0[ [0;0,025[ >0,025 Pourcentagemoyendefilles porteuses Classes d'index des pères
  11. 11. Conclusions  Des résultats à confirmer Limites :  Variable binaire alors que les méthodes utilisées suppose que la variable est linéaire  Fréquence faible  Collecte non exhaustive  Définition du caractère : Fonctionnel/non fonctionnel, 1 ou plusieurs trayons surnuméraires  Cas particulier d’anomalie génétique :  Pas de gène majeur donc pas de test ADN de dépistage possible  Mise en place d’une évaluation génétique
  12. 12. Merci pour votre attention

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