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Social genome annotation
- 2. 中尾光輝 • かず さの特別研究員 • 植物ゲノム情報研究室 • CBRC の協力研究員 • ホートンチーム 2
- 3. • BioRubyプロジェクト開発者 • オープンバイオ研究会（open-bio.jp） • Ruby会議実行委員 • 「RとBioconductorを用いたバイオイ ンフォマティクス」の翻訳 3
- 4. 内容 • アノテーションとは • アノテーションのライフサイクル • 課題の整理 • ソーシャル・ゲノム・アノテーション • かずさの取り組み 4
- 5. アノテーション 5
- 8. GenBank レコード • Features table に遺伝子構造アノ テーションが書かれている 8
- 9. 9
- 10. 10
- 11. 5 4 3 2 1 11
- 12. 遺伝子構造 • 遺伝子予測 • エキソン-イントロン構造 • 機能性RNA、SNP、cis-エレメント • ゲノム配列（一次元）における座 標のセット 12
- 14. UniProtKB/Swiss-Prot • タンパク質知識ベース • UniProt.org • beta.uniprot.org がオススメ 14
- 15. 15
- 16. 16
- 17. 17
- 18. 18
- 19. 19
- 20. 20
- 21. 21
- 22. 遺伝子機能 • 対象 • 遺伝子シンボル、アミノ酸配列 • 機能についてのアノテーション • その他の記載 22
- 23. 遺伝子機能 • 分子機能（EC番号のつくもの） • 機能？ • 局在化部位（Component） • 系統関係など 23
- 25. ３つのオントロジー • Molecular Function • Biological Process • Cellular Component 25
- 26. 26
- 28. evidence 根拠 28
- 29. アノテーションの例 29
- 30. GOの開いた世界 • タームの標準化 • 機能分類 • 集約（GOslim） • 種間比較 30
- 31. ゲノムアノテーション • 遺伝子構造アノテーション • 遺伝子機能アノテーション • その他のアノテーション • コンテクストを与える 31
- 32. 質的な範囲 • 論文の結果 • 実験結果 • 大規模実験結果 • 自動 32
- 33. 質のコントロール • UniProtKB • 用語のカテゴリ • 論文の有無 • GO • evidence code evidence 根拠 33
- 35. アノテーションの ライフサイクル • 生成 • 成長 • 無効化／消失 35
- 36. 生成場所 • 遺伝子DNA配列決定 • ゲノムプロジェクト • ゲノムデータベース • アノテーション大会 • サードパーティーアノテーション 36
- 37. スケール • ゲノムスケール 網羅性 • 一遺伝子 正確性 37
- 38. 伝言ゲーム • コピー＆ペーストで typo が伝播 する • imilar to X protein • Putative hypothetical protein 38
- 39. Excel の悲劇 • アクセッションに E123456 • 読み込み時に数値に変換された 39
- 40. 成長 • 改善／更新のプロセス • Hypothetical protein • Similar to X protein • 新しい論文 • 新しいデータベース、方法 40
- 41. 成長場所 • 遺伝子DNA配列決定 • ゲノムプロジェクト • ゲノムデータベース • アノテーション大会 • サードパーティーアノテーション 41
- 42. ゲノムデータベース • MGI, SGD, FlyBase,TAIR, ... • 持続的な更新 • GO アノテーションを利用 42
- 43. サードパーティ • KEGG • GO Annotation @ EBI • NCBI RefSeq, Gene • UniProtKB 43
- 44. 無効化／消失 • 遺伝子構造の更新 • アミノ酸配列の更新 • 根拠にした論文のとりさげ • 元にしたデータの更新 44
- 45. アノテーション利用 • GenBankエントリの作成 • 遺伝子データベースの遺伝子単位 のページのコンテンツのソース • カテゴリカルデータ 45
- 46. アノテーション • IDをもったもの（遺伝子など） • 用語体系（コンテクスト） • 根拠と参照元 • つけた人 • 作成日 46
- 48. 根拠と参照元 • 論文 • 教科書 • ほかのアノテーション • 学会発表 • 心の眼 48
- 49. 自動アノテーション • 充実している • InterProScan • 各種予測ツール • Evideice code: IEA • ホモロジーサーチ 49
- 50. 手動アノテーション • 論文を読む速度に依存 • 検索、取得、理解 • 整理法に依存 50
- 51. 課題 • アノテーション高度化 • 参照元を増やす • 質を高める 51
- 53. 作業効率を上げる • 論文の取得は加速された • インターネット 、電子出版 • 検索 • Medline, PubMed • オープンアクセス 53
- 55. 人の数を増やす • お金でかいけつ • 参入障壁をさげる • UI、ツールでサポート • コミュニティーでやる 55
- 56. ソーシャルアノテーション • ソーシャルブックマーク • CiteULike • はてなブックマーク • ソーシャルアノテーション • diigo.com 56
- 57. CiteULike.org • 論文情報の共有・保存・管理 • PDF保存 • メモ、タグ付け • 共有 • ブックマークレット 57
- 58. 58
- 60. 60
- 63. ブックマークレット • ユーザーインターフェイス • ワンクリックでいま見ている PubMedのページ（の論文）を 登録するブックマーク • JavaScriptでできたブックマーク 63
- 64. はてなブックマーク • URLをブックマーク • コメント • タグ付け • キーワードの自動抽出 64
- 65. 65
- 66. 66
- 67. あとから参照する仕組み • 検索 • タグ • キーワード • コメント 67
- 68. diigo.com • ソーシャル・アノテーション • URLをブックマーク • 本文から抜き書き • コメント、付箋化 • タグ 68
- 69. 69
- 70. 70
- 71. 71
- 72. 72
- 73. 73
- 74. 74
- 75. 抜き書きにコメントをつける仕組み • 情報カード • 情報整理ツール • 調査用のツール 75
- 76. 一般的な意味での アノテーション • ゲノム座標セットにタームをつける • 遺伝子産物にタームをつける • URLにコメントやタグをつける 76
- 79. UI によるサポート • ブックマークレット • ワンクリックでブックマークできる • 領域選択による抜き書き、付箋化 79
- 80. 共有 • 参照可能なアノテーションの拡大 • マスコラボレーションの可能性 • Wikipedia の成功 • Wikiproteins の挑戦 80
- 82. 極端なアノテーションの定義 • データモデルから見ると • evidence code でわければ • 関連付けるのは全部アノテーション 82
- 83. ゲノムアノテーション • 更新問題 • 人でによる更新速度 • 人が少ない 83
- 84. コミュニティ・アノテーション • 共有 • 特定の興味分野（生物種、現象） • 改善の運動 84
- 85. UIやツールでなんと かなるかもしれない • 参照元を増やす • 参加障壁をさげる • 作業効率を上げる 85
- 86. かずさの取り組み • ゲノム配列決定機関 • ゲノムデータベース • ますます増えるゲノム配列 • アノテーションの新規作成と更新 86
- 87. かずさの取り組み • ソーシャルなゲノムアノテーション のツールを開発中 • ゲノムDBが遺伝子URLを提供 • 遺伝子URLにアノテーションする 87
- 88. • 個人的な情報整理からリリースする アノテーションまでおなじツールで 管理 • データにはアクセス権限の設定をす る • 個人、グループ、パブリック 88
- 90. まとめ • アノテーションの更新は大変 • ソーシャルなツールで克服できる かもしれない • かずさで実証実験をする 90