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What's hot
What's hot (20)
Similar to R Markdownによるドキュメント生成と バージョン管理入門
Similar to R Markdownによるドキュメント生成と バージョン管理入門 (20)
R Markdownによるドキュメント生成と バージョン管理入門
- 2. ⾃⼰紹介 所属 静岡理工科大学 情報学部 講師 研究領域 主に認知 + 社会心理学の観点から、交通行動を 研究しています 人間工学 2 / 87
- 4. 本⽇の流れ 1. R Markdownとは 2. R Markdownによるレポーティングの利点 3. R Markdownによるレポーティングの手続き 4. R Markdownの実習と質疑応答 5. GitHub Desktopを用いたバージョン管理入門 4 / 87
- 5. 参考図書 5 / 87
- 6. 特にR Markdown: The Definitive Guideは必読！ https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/ 6 / 87
- 7. 1. R Markdownとは 7 / 87
- 12. ドキュメント⽣成の流れ 1. .Rmdファイルを準備 2. 文章（Markdown記法で）や、Rチャンク（後述）を書く 3. Knitしてレンダリング（後述） 4. 出力されたドキュメントを確認し、必要に応じて2～4をループ R Markdownチートシートより https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/11/Rmarkdown-cheatsheet-2.0_ja.pdf 12 / 87
- 15. プレゼンテーション⽤ドキュメント 本セミナーでは割愛するが、デフォルトで以下の形式が 用意されている ioslides: あらゆるブラウザで閲覧可能なHTML形式 Slidy: あらゆるブラウザで閲覧可能なHTML形式 Beamer: PDF形式（TeXによる） その他、xaringanパッケージにより、拡張性の高い プレゼンテーション用ドキュメント作成も可能 https://github.com/yihui/xaringan 本資料もxaringanで（初めて）作成 15 / 87
- 16. 2. R Markdownによる レポーティングの利点 16 / 87
- 18. R Markdownがあるとき 日本社会心理学会 第5回春の方法論セミナー https://kazutan.github.io/JSSP2018_spring/ .Rmdファイルに記述した内容が自動的にレポートになる 仮にミスがあっても、その場所を特定・修正できる バージョン管理していれば、時期も特定可能 18 / 87
- 20. Shinyによる、インタラクティブな レポーティング library(tidyverse); library(plotly) g <- ggplot(data = mtcars, mapping = aes(x = factor(cyl), y = wt)) + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "bar", alpha = 0.3) + geom_point() ggplotly(g) 4 6 8 0 2 4 factor(cyl) wt 20 / 87
- 23. 3. R Markdownによる レポーティングの⼿続き 23 / 87
- 30. 個⼈的によく使うYAMLヘッダ項⽬ --- title: "CAPS_RMarkdown" subtitle: "hogehoge" author: "Yasunori Kinosada" date: "2018-08-24" #自動で本日の日付を取得するなら、`r Sys.Date()` output: rmdformats::readthedown: highlight: zenburn #コードシンタックスのハイライト方法 md_extensions: -ascii_identifiers #日本語で書いている場合はおまじない self_contained: true #jsやcss，画像データなどをhtmlファイルに埋め込む lightbox: true #画像をクリックしたらポップアップさせる toc: true #メニュー（toc: table of contents）を設ける toc_float: true #tocを設けた場合に、ページ冒頭ではなく、サイドメニュー化 toc_depth: 3 #tocに反映させる見出しの階層数 --- もちろん他にもたくさんある 30 / 87
- 35. {knitr}パッケージがサポートしている ⾔語エンジン⼀覧 names(knitr::knit_engines$get()) ## [1] "awk" "bash" "coffee" "gawk" "groovy" ## [6] "haskell" "lein" "mysql" "node" "octave" ## [11] "perl" "psql" "Rscript" "ruby" "sas" ## [16] "scala" "sed" "sh" "stata" "zsh" ## [21] "highlight" "Rcpp" "tikz" "dot" "c" ## [26] "fortran" "fortran95" "asy" "cat" "asis" ## [31] "stan" "block" "block2" "js" "css" ## [36] "sql" "go" "python" "julia" 35 / 87
- 37. {r チャンクラベル（省略可）, チャンクオプション1, チャンクオプション2, ...} なおチャンクラベルには、アルファベット、数字、ダッシュ-のみ使用推奨 同一.Rmdファイル内で、同じチャンクラベルは使用不可 37 / 87
- 39. 各チャンクで指定するのが面倒なら、グローバルな設定も可 ↓ readthedownテンプレートのデフォルトの設定 library(knitr) library(rmdformats) ## Global options options(max.print = "75") opts_chunk$set(echo = FALSE, cache = TRUE, prompt = FALSE, tidy = TRUE, comment = NA, message = FALSE, warning = FALSE) opts_knit$set(width = 75) 自分の場合は、echo = TRUEに変更して、この設定を使います 39 / 87
- 45. 画像の挿⼊ Rコード（ggplot2パッケージ等）で画像を生成するのではなく、 既存の画像を挿入する場合 方法1：Markdown記法（コードチャンク外に書く）  ![alt text or image title][hogehoge] [hogehoge]: path/to/image もちろんHTMLも可↓ <img src = "path/to/image" alt = "hogehoge" title="fugafuga" width="200" height="300"> 45 / 87
- 47. 表の⽣成 方法1：knitr::kable()（とりあえずこれでいい） knitr::kable(x = head(mtcars, 2), format = "html", digits = 2, align = "c", caption = "two rows of mtcars dataset") two rows of mtcars dataset mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb Mazda RX4 21 6 160 110 3.9 2.62 16.46 0 1 4 4 Mazda RX4 Wag 21 6 160 110 3.9 2.88 17.02 0 1 4 4 47 / 87
- 48. 方法2：自力で書く knitr::kable()を、Markdown形式でコンソールに 出力させると... 実はこれが、表のMarkdown記法 :----- 左揃え :----: 中央揃え -----: 右揃え 48 / 87
- 54. どんっ！ 54 / 87
- 55. 5. Gitによるバージョン管理 55 / 87
- 56. バージョン管理の重要性 R Markdownを使いさえすれば再現可能性が担保される... わけではない どっちのファイルだっけ... 最終更新日時は分かるけど、どこを書き換えたんだっけ... 56 / 87
- 58. ⽤語の整理 Git ： バージョン管理システム リポジトリでの変更履歴を記録するツール GitHub ： リモートリポジトリ Web上のサービス リポジトリ ： バージョン管理する「場所」 ローカルリポジトリ ： クライアントPC内のリポジトリ リモートリポジトリ ： GitHubなど、サーバ上のリポジトリ Publicリポジトリ ： 誰にでも公開 Privateリポジトリ ： 許可されたユーザのみアクセス可能 58 / 87
- 65. 確かに一致！ 65 / 87
- 80. Pull request 現在のbranchでのcommitが良さそうなら、 master branchと合体して大樹に戻りたい！ 「このbranchを吸収（pull）しておくれ」とmasterに要請 →pull request 80 / 87
- 81. 更新内容に問題なければ、Create pull request 81 / 87
- 84. Gitによるバージョン管理の⼿続き︓まとめ 1. 最新の状態をリモートからローカルにpull 2. branchを作って、パラレルワールドを創出 3. ローカルで作業して更新内容をcommit 4. pushしてリモートリポジトリに更新を反映 （commitを取り消したければrevert） 5. 枝（branch）がある程度育ったら、大樹（master）に 吸収を要請（pull request） 6. 大樹（master）は、吸収の要請（pull request）を 承認したら、統合（merge） GitHub Desktopでは機能制限されているが、 Gitなら他にも、もっともっとコマンドがある 84 / 87
- 85. 総括 85 / 87