2016/5/21 第一回関西オープンIoTグループ勉強会＆懇親会でのLT

1. IoTのカンファレンスに参加したら
なぜかバイオにはまった話
その2
Takao Ikoma
May, 21, 2016
Revised May, 30, 2016

2. Who am I?
● 元家電メーカーのソフト屋
●
昔、売り物のCコンパイラを書いた
● でも、アプリとデバドラは書かない
● Appleにコンシューマビジネスを教えた
● 3年前に早期希望退職/リストラ
● IOT/3Dプリンタ/ウェアラブル、
● ビットコインからバイオまで
● Code for Ikomaとか、CoderDojo奈良/生駒とか

3. O'Reilly がIoTの会議
● SOLID2014
●
キーノートで数人が"Synthetic Biology"に言及する
● http://conferences.oreilly.com/public/content/?event=111home
● SOLID2015
● "Synthetic Biology"が1セッションになっている
●
キーノートでJoiがバイオ推し!
● http://conferences.oreilly.com/solid/internet-of-things-2015

4. Bio is New Digital!
● https://www.youtube.com/embed/pnHD8gvccpI
● Mooreの法則 < 次世代シーケンサの進化(5倍?)
●
ヒトゲノム・プロジェクト: 1988-2001(2003) 13
年、3000億円
● 1000ドルゲノム・プロジェクト: 数日と1000ド
ル、最新機種ではほぼ達成
●
エレクトロニクスで過去50年に起こった進化が
今、バイオで

5. https://www.genome.gov/images/content/costpergenome2015_4.jpg

6. Biology: Discovery → Design
● 観察、分析の科学から工学へ
● 薬品、医療、食品、燃料、材料、環境

7. デジタル・バイオロジー
● DNA
● バイオ・インフォマティクス
● システム生物学
● スーパーコンピュータ創薬
● 手術ロボット
● 3Dバイオプリンタ

8. クラウド・バイオ実験環境
Emerald Cloud Lab
● http://emeraldcloudlab.com/
● http://emeraldcloudlab.com/how-it-works
● 実験プロトコルをプログラミング言語で記述
●
クラウドに投げたらロボットが実験!
● データ解析までして返してくれる

9. [追加]クラウド実験環境Transcriptic
● 高価で従来的な自動化装置を購入するのではな
く、ロボットも、それらを動かすコードも、自
作
●
バイオ系スタートアップを支援(実験施設のア
ウトソーシング)
● Y Combinator出身
● https://www.transcriptic.com/

10. バイオ実験プロトコル記述言語
Antha
● http://www.antha-lang.org/
● Flow-based Programming Language
● 実験の再現性を高める

11. ちょっと調べてみたら

12. キッチン・バイオ
ストリート・バイオ

13. バイオパンク
DIY科学者たちのDNAハック!
● http://www.amazon.co.jp/dp/4140815329

14. OpenPCR
● Open Source HardwareのPCR
● http://openpcr.org/
●
鳥人間社のDNA ”増幅器である NinjaPCR”
– http://healthtechnews.jp/2013/12/05/dna_pcr/
– http://healthtechnews.jp/wp-content/uploads/2013/12/slid
– IVSのLaunch Padで2位!
●
バイオのRepRap?

15. RepRap Family Tree
● http://reprap.org/mediawiki/images/e/ec/RFT_timeline2006-2012.png

16. バイオ工学がグッと身近に!自宅で誰でも
生細胞を培養できるデスクトップサイズの
細胞培養キット「Amino」
● http://techable.jp/archives/32468

17. Bento Lab:
A DNA laboratory for everybody
● https://www.bento.bio/
● https://www.kickstarter.com/projects/339005690/bento-lab-a-dna-lab
● http://jp.techcrunch.com/2016/03/31/20160330citizen-scientists-you-

18. バイオハッカージャパン
● http://biohacker.jp/
● 自宅遺伝子診断に向けて電気泳動槽自作中

19. DIY CRISPR Kits on Indiegogo
● https://www.indiegogo.com/projects/diy-crispr-kits-learn-modern-scienc
● https://youtu.be/TWthRz-0T18

20. OpenTrons
● http://opentrons.com/
● http://mix.bio/
● http://jp.techcrunch.com/2016/02/02/20160201opentrons-a
● The OT-One is a personal liquid handling robot.
● -$3000

21. A 3-D printable open source platform for
fluorescence microscopy, optogenetics
and accurate temperature control.
● https://open-labware.net/projects/flypi/

22. Glowing Plant Project
●
遺伝子組換えで樹木を光らせる!?
● https://www.kickstarter.com/projects/antonyevans/glowing-

23. 遺伝子組換えに必要な試薬のオール
インパッケージ「GlowGene」
● 200ドルでプレ注文受付中
● 望みの生物を光る生物に遺伝子操作
● http://biohacker.jp/c/BH127.html

24. DIY EEG/Brain Hacker
● http://fab.cba.mit.edu/classes/4.140/section.Harvard/peopl

25. 高校生が3Dプリントで作った
‘ ’ミニ脳 バイオリアクターがジカ熱の研究を加速
● http://jp.techcrunch.com/2016/05/03/20160502high-school

26. Genome Compiler
● http://synbiobeta.com/programming-in-four-bits-genome-compiler/

27. A programming language
for living cells
● http://news.mit.edu/2016/programming-language-living-cel
● http://science.sciencemag.org/content/352/6281/aac7341

28. SBOL
Synthetic Biology Open Language
● http://sbolstandard.org/

29. Elements of SBOL Visual:
Synthetic Biology Open Language - Visual
Community standards in development since 2008
SBOL Visual 1.0: BBF RFC #93 doi: 1721.1/78249
GFPGFP
TetR
Backbone
Construct Icons
Direction shown
by orientationRegulatory Interactions
(in progress)
pTet
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Attribution 4.0 International License.

30. bioCurious
● バイオ版メーカースペース
● http://biocurious.org/

31. bioClub
● http://www.bioclub.org/
● BioHack Academy @ BioClub Tokyo
● http://bcl.io/bha/

32. How to Grow Almost Anything
● http://bio.academany.org/
● https://fablabkamakuranews.wordpress.com/2015/09/20/ fab-academyバイオ版
●
バイオ版How to Make Almost Anything

33. iGEM
The international Genetically
Engineered Machine competition
● バイオ版ロボコン

34. Open Agriculture
● http://openag.media.mit.edu/
● https://github.com/OpenAgInitiative
● Food Computer
● Personal Food Computer
– https://youtu.be/iI56tVuDGcY
● Food Server
● Food Datacenter
● Climate Recipes
● Open Source

35. デザイン+合成生物学
● ネリ・オックスマン: テクノロジーとバイオロジーを融合したデザイン
● https://www.ted.com/talks/neri_oxman_design_at_the_intersection_of_technology_and_biology
● Sputniko! "Red Silk of Fate - Tamaki's Crush" / スプツニ子！「運命の赤い糸
をつむぐ蚕 - タマキの恋 」
● https://www.youtube.com/watch?v=08BFqcZ1xYI

36. バイオのオープンデータはガチ!
● DNA、遺伝子、タンパク質、代謝、化学物
質、...
ピンク： ライフサイエンス

37. Why We Should Teach Kids to
Code Biology, Not Just Software
● http://singularityhub.com/2016/04/07/we-should-be-teaching-kids-to-c
●
今日、ほとんどだれでも(高校生でも)以下のことができる
●
自分のDNAをシーケンスさせる
● BioBuilderを読む
● CRISPRの使い方を学ぶ
● iGEMに参加する
●
フリーのソフトを使ってDrag&Dropで遺伝子工学を始めてみる
●
設計したものや、標準バイオ部品のレジストリから、合成DNAをオンライ
ンで注文できる
● OpenPCRやOpenTronsのような自宅のバイオベンチラボ用に器具を購入
する

38. BioBuilder
● https://www.amazon.co.jp/dp/B0106QBDDA

40. ● tikoma@gmail.com
● tw: ＠ikoma
● fb: takao.ikoma