Kobe R

1. R in life science
~heatmap作成~
YOSHIKI TOMITA

2. 自己紹介
Yoshiki Tomita
所属：神戸大学農学部在学中、専門は作物学
趣味：語学と海外（主にアジア）をふらふらすること、最近自転車を始めた
一言：河原さんと知り合ったことがきっかけでRの勉強を始めた（初心者）。

3. Rでヒートマップをつくろう
ヒートマップ（英: Heat map）は個々の値のデータ行列を色として表現した可視
化グラフの一種である。
様々な種類が存在する。
(wikipediaより)
こんなやつ→

4. 何に使うの？
行列型データの可視化
→Webページ解析（マウストラッキングetc）
→マイクロアレイ解析

5. heatmap関数（データセットmtcarsを例に）
mtcars : 1974年のアメリカで車
種ごとに性能を比較したデータ
mpg Miles/(US) gallon
cyl Number of cylinders
disp Displacement (cu.in.)
hp Gross horsepower
drat Rear axle ratio
wt Weight (lb/1000)
qsec 1/4 mile time
vs V/S
am
Transmission (0 = automatic,
1 = manual)
gear Number of forward gears
carb Number of carburetors

6. このデータを
視覚化しわか
りやすくする

7. データフレーム型→行列に変換

8. heatmap関数に入れる
scale : データを読む向き, Rowv : 行の樹形図, Colv : 列の樹形図,
main : 題名, col : 色の指定

10. いろんな色で書いてみた

11. heatmap.2
gplotsパッケージ中に含まれる。密度、スケールバーなど
の付加情報を表示できる。

13. 今回参考にさせていただいたブログなど
バイオスタティスティクス
http://stat.biopapyrus.net/graph/heatmap.html
Panda Analysis
http://panda-nikki.hatenablog.jp/entry/20131209/1386600203
R Financial & Marketing Library
http://itbc-world.com/home/rfm/