ImageJを使った画像解析実習〜起動・終了とファイルの入出力〜
- 16. ←画像情報: 159x153 pixels; 8-bit; 24K
(3200%) : 拡大・縮小率
画像ウインドウ左上に青い枠が表示されている場合,
ウインドウに画像全域が収まっていない。
(青い四角は現在表示されている部分を示す。)
→ 「ハンドツール」で表示されている部分を動かすことができる
159
153
画素, pixel (picture element)
- 17. 159x153 pixels; 8-bit; 24K
y
x
(x,y) = (0, 0)
輝度 35
(3, 0)
輝度30
(3, 2)
輝度 21
ImageJ では左上を原点(0, 0)とし,右に X 軸,下にY軸が伸びる.
各画素には輝度 (強度,intensity.明度 brightness とも言う)
が割り当てられている.
※ 「0 から数えること」「左上が原点であること」 に注意.
座標系と画素と輝度
- 18. 輝度のタイプ
(0, 0)
輝度 35
(3, 0)
輝度30
(3, 2)
輝度 21
8-bit: 0~255 の整数(integer)
16-bit: 0~65535 の整数(integer)
32-bit: 浮動小数点数(float)
実数の近似値.±3.4*1038 の
範囲で7桁位の精度.
グレイスケール画像, 濃淡画像
輝度のデータ型.
ビット深度(bit depth), bits per pixel,
量子化ビット数等とも呼称.
カラー画像
≠白黒画像
8-bit Color: 使わない.
RGB Color: 赤緑青の3チャネルを
重ねることによるカラー表現.
各チャネルのデータ型は8-bit,
16-bit, 32-bit のいずれかで,
チャネル間では統一されている.
- 24. 輝度ヒストグラム ( h キー )
h
位置情報を無視した上で,全画素について
輝度の分布を可視化したもの.
輝度の基本的な統計量(最小,最大,平均,
標準偏差等)も表示されている.
- 26. Brightness & Contrast による表示状態の変更 ( Shift + c キー)
スライドバーを動かすことによる調整は,表示上の"明るさ"を
変えているに過ぎない.→ 輝度は変化しない.
8-bit 画像の場合は Apply ボタンを押すことによって,その時の
表示範囲が0~255にスケールされる.→ 輝度が変化する.
真っ白
真っ黒
- 28. 輝度プロファイル (ROI + k キー)
線分上の輝度を「形 (プロファイル)」として可視化.
横軸が距離 or 位置,縦軸が輝度.
→多重蛍光標識像から局在関係を示す直観的手法として
利用可能
ドラッグして線を引いてから「kキー」を押下
- 29. RGB別 輝度プロファイル (ROI + kキー)
Plugins > Graphics > RGB Profile Plot
RGB 信号のうち主に Blue が果皮の位置により
変化していることがわかる.
- 31. Edit メニュー: 画像の切り貼り,描画
Undo: 直前の作業の取消し.
1ステップ限定かつ
一部のみ対応.
Cut, Copy, Paste:
画像の切り貼り.
対象は画像全域かROI .
Copy to System:
他アプリへのコピー.
Clear, Fill, Draw: 単色描画.
Color Pickerで色は設定.
Selection: ROI の制御.
(Selection = ROI)
Add To Manager:
複数のROI を管理.
- 32. Image メニュー: 種別,色,スタック,変形,複製等,色々
Type: 輝度タイプの変換.
8-bit, 16-bit, 32-bit, RGB color...
Adjust: 表示上の明るさの調整や二値化等.
Color: グレイスケール画像とカラー画像の
変換等.
Stacks: 時系列画像(動画像),立体画像の
処理.輝度投影,スライス一覧(montage)
の作成等.
Crop: ROI 部分の切り出し.
Duplicate: 画像ウインドウの複製.
Rename: 画像ウインドウのタイトル変更.
Scale: 画像解像度の変更.つまり画像サイズ
の拡大・縮小.
※表示の拡大・縮小と混同しないよう注意.
- 34. Analyze メニュー: 測定やグラフ関係
Measure: ROI 部分の諸パラメタの測定.
Analyze Particles...: 粒子解析.
Set Measurements...: 'Measure' で測定する
パラメタの選択.
Set Scale...: 1画素が何 µm かを設定する.
Histogram: 輝度ヒストグラムの表示.
Plot Profile: 輝度プロファイルの表示.
他のメニュー
Plugins: プラグイン,マクロ,ショートカット
キー設定等.
Window: 画像ウインドウ,ログウインドウ等
の一覧や並び換え.
Help:ブラウザにウェブ上のマニュアルを
表示する等.